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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rpa | |||||||||
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タイトル | THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF RAT ACID PHOSPHATASE IN COMPLEX WITH L(+) TARTRATE | |||||||||
![]() | PROSTATIC ACID PHOSPHATASE | |||||||||
![]() | HYDROLASE(PHOSPHORIC MONOESTER) | |||||||||
機能・相同性 | ![]() thiamine phosphate phosphatase activity / positive regulation of adenosine receptor signaling pathway / thiamine metabolic process / Golgi cisterna / adenosine metabolic process / acid phosphatase / regulation of sensory perception of pain / lysophosphatidic acid phosphatase activity / XMP 5'-nucleosidase activity / acid phosphatase activity ...thiamine phosphate phosphatase activity / positive regulation of adenosine receptor signaling pathway / thiamine metabolic process / Golgi cisterna / adenosine metabolic process / acid phosphatase / regulation of sensory perception of pain / lysophosphatidic acid phosphatase activity / XMP 5'-nucleosidase activity / acid phosphatase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / nucleotide metabolic process / choline binding / vesicle membrane / Neutrophil degranulation / lysosome organization / dephosphorylation / phosphatase activity / purine nucleobase metabolic process / multivesicular body / protein-tyrosine-phosphatase / secretory granule / filopodium / protein tyrosine phosphatase activity / lipid metabolic process / apical part of cell / molecular adaptor activity / lysosome / lysosomal membrane / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Lindqvist, Y. / Schneider, G. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structure of rat acid phosphatase in complex with L(+)-tartrate. 著者: Lindqvist, Y. / Schneider, G. / Vihko, P. #1: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of Rat Acid Phosphatase 著者: Schneider, G. / Lindqvist, Y. / Vihko, P. #2: ![]() タイトル: Rat Acid Phosphatase: Overexpression of Active, Secreted Enzyme by Recombinant Baculovirus-Infected Insect Cells, Molecular Properties, and Crystallization 著者: Vihko, P. / Kurkela, R. / Porvari, K. / Herrala, A. / Lindfors, A. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 125 2: GLN 244 - PRO 245 OMEGA =235.93 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39691.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 糖 | ChemComp-NAG / |
#4: 化合物 | ChemComp-TAR / |
配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.14 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / Num. obs: 11350 / % possible obs: 80 % / Num. measured all: 24008 / Rmerge(I) obs: 0.057 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.215 / Rfactor obs: 0.215 / 最高解像度: 3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.215 / Rfactor Rwork: 0.215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 4 |