PDB-1rop: STRUCTURE OF THE COL*E1 ROP PROTEIN AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rop

タイトル

STRUCTURE OF THE COL*E1 ROP PROTEIN AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION

要素

ROP PROTEIN

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

Helix Hairpins - #230 / Regulatory protein Rop / Rop-like superfamily / Rop protein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Regulatory protein rop

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kokkinidis, M. / Banner, D.W. / Tsernoglou, D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Structure of the ColE1 rop protein at 1.7 A resolution
著者: Banner, D.W. / Kokkinidis, M. / Tsernoglou, D.

履歴

登録	1991年4月2日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1992年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rop.cif.gz	22.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rop.ent.gz	14.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rop.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/1rop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/1rop	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ijh-1 3nmi-6 2ijj-1 3fop-1 2ijj-2 2ijk-d 4do2-d 3crp-2 3nmj-3 3hnk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ROP PROTEIN

7.24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ROP PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.380, 40.390, 27.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.77, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	ROP PROTEIN 分子量: 7237.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03051
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	THERE IS A VERY TIGHT BEND (RESIDUES ASP 30 AND ALA 31) IN EACH MONOMER. IT IS NOT LISTED ON A ...THERE IS A VERY TIGHT BEND (RESIDUES ASP 30 AND ALA 31) IN EACH MONOMER. IT IS NOT LISTED ON A TURN RECORD BECAUSE EACH RESIDUE IS INTEGRATED IN THE HYDROGEN BONDING NETWORK OF HELICES H1 AND H2.

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.29 %

-
データ収集

放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	PLUS 最高解像度*: 1.7 Å

-
解析

ソフトウェア

名称: PROLSQ / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.7→5 Å /

	R_factor	反射数
obs	0.182	6725

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	447	0	0	48	495

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.029	0.015
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.034	0.02
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d	0.053	0.03
X-RAY DIFFRACTION	p_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it	1.76	1
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it	2.36	1.5
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it	3.07	1
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it	4.7	1.5
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr	0.017	0.02
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr	0.243	0.15
X-RAY DIFFRACTION	p_singtor_nbd	0.18	0.5
X-RAY DIFFRACTION	p_multtor_nbd	0.24	0.5
X-RAY DIFFRACTION	p_xhyhbond_nbd	0.22	0.5
X-RAY DIFFRACTION	p_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_tor	4.2	3
X-RAY DIFFRACTION	p_staggered_tor	16.7	15
X-RAY DIFFRACTION	p_orthonormal_tor	44.7	20
X-RAY DIFFRACTION	p_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_special_tor

ソフトウェア

*PLUS

名称: PROLSQ / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 5 Å / Num. reflection obs: 6725 / R_factor obs: 0.182

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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