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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rnt | ||||||
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タイトル | RESTRAINED LEAST-SQUARES REFINEMENT OF THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE RIBONUCLEASE T1(ASTERISK)2(PRIME)-GUANYLIC ACID COMPLEX AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | RIBONUCLEASE T1 ISOZYME | ||||||
キーワード | HYDROLASE(ENDORIBONUCLEASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hyphal tip / ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / cell septum / endonuclease activity / lyase activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus oryzae (米麹菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Saenger, W. / Arni, R. / Heinemann, U. / Tokuoka, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1987 タイトル: Restrained Least-Squares Refinement of the Crystal Structure of the Ribonuclease T1(Asterisk)2(Prime)-Guanylic Acid Complex at 1.9 Angstroms Resolution 著者: Arni, R. / Heinemann, U. / Maslowska, M. / Tokuoka, R. / Saenger, W. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988 タイトル: Three-Dimensional Structure of the Ribonuclease T1(Asterisk)2(Prime)-Gmp Complex at 1.9-Angstroms Resolution 著者: Arni, R. / Heinemann, U. / Tokuoka, R. / Saenger, W. #2: ジャーナル: Fresenius Z.Anal.Chem. / 年: 1987 タイトル: Struktur Und Funktion Des Enzyms Ribonuclease T1 (German) 著者: Arni, R. / Heinemann, U. / Saenger, W. #3: ジャーナル: Pure Appl.Chem. / 年: 1985 タイトル: Mechanism of Guanosine Recognition and RNA Hydrolysis by Ribonuclease T1 著者: Heinemann, U. / Saenger, W. #4: ジャーナル: Trends Biochem.Sci.(Pers. Ed.) / 年: 1983 タイトル: The Structural and Sequence Homology of a Family of Microbial Ribonucleases 著者: Hill, C. / Dodson, G. / Heinemann, U. / Saenger, W. / Mitsui, Y. / Nakamura, K. / Borisov, S. / Tischenko, G. / Polyakov, K. / Pavlovsky, S. #5: ジャーナル: Jerusalem Symp.Quantum Chem.Biochem. / 年: 1983 タイトル: Ribonuclease T1. Mechanism of Specific Guanine Recognition and RNA Hydrolysis 著者: Heinemann, U. / Saenger, W. #6: ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 1983 タイトル: Crystallographic Study of Mechanism of Ribonuclease T1-Catalysed Specific RNA Hydrolysis 著者: Heinemann, U. / Saenger, W. #7: ジャーナル: Nature / 年: 1982 タイトル: Specific Protein-Nucleic Acid Recognition in Ribonuclease T1-2(Prime)-Guanylic Acid Complex. An X-Ray Study 著者: Heinemann, U. / Saenger, W. #8: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1980 タイトル: Crystallization of a Complex between Ribonuclease T1 and 2(Prime)-Guanylic Acid 著者: Heinemann, U. / Wernitz, M. / Paehler, A. / Saenger, W. / Menke, G. / Rueterjans, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rnt.cif.gz | 30.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rnt.ent.gz | 23.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rnt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/1rnt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/1rnt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES 39 AND 55 ARE CIS-PROLINES. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11094.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: P00651, EC: 3.1.27.3 |
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#2: 化合物 | ChemComp-2GP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.43 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: Heinemann, U., (1980) Eur. J. Biochem., 109, 109. |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 6788 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 1 / Num. measured all: 23819 / Rmerge(I) obs: 0.088 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.9→6 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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拘束条件 | *PLUS
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