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万見
- PDB-1rmj: C-terminal domain of insulin-like growth factor (IGF) binding pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rmj
タイトルC-terminal domain of insulin-like growth factor (IGF) binding protein-6: structure and interaction with IGF-II
要素Insulin-like growth factor binding protein 6
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / Insulin-like growth factor binding protein / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


insulin-like growth factor binary complex / regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / insulin-like growth factor II binding / insulin-like growth factor I binding / fibronectin binding / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell migration / positive regulation of MAPK cascade ...insulin-like growth factor binary complex / regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / insulin-like growth factor II binding / insulin-like growth factor I binding / fibronectin binding / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell migration / positive regulation of MAPK cascade / negative regulation of cell population proliferation / signaling receptor binding / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin-like growth factor-binding protein 6 / Thyroglobulin type-1 / Invariant Chain; Chain I / Insulin-like growth factor-binding protein family 1-6, chordata / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily ...Insulin-like growth factor-binding protein 6 / Thyroglobulin type-1 / Invariant Chain; Chain I / Insulin-like growth factor-binding protein family 1-6, chordata / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin-like growth factor-binding protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing
データ登録者Headey, S.J. / Keizer, D.W. / Yao, S. / Brasier, G. / Kantharidis, P. / Bach, L.A. / Norton, R.S.
引用
ジャーナル: Mol.Endocrinol. / 年: 2004
タイトル: C-terminal domain of insulin-like growth factor (IGF) binding protein-6: structure and interaction with IGF-II.
著者: Headey, S.J. / Keizer, D.W. / Yao, S. / Brasier, G. / Kantharidis, P. / Bach, L.A. / Norton, R.S.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2003
タイトル: 1H, 13C and 15N resonance assignments of the C-terminal domain of insulin-like growth factor binding protein-6 (IGFBP-6).
著者: Headey, S.J. / Yao, S. / Parker, N.J. / Kantharidis, P. / Bach, L.A. / Norton, R.S.
#2: ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2004
タイトル: Binding site for the C-domain of insulin-like growth factor (IGF) binding protein-6 on IGF-II; implications for inhibition of IGF actions.
著者: Headey, S.J. / Keizer, D.W. / Yao, S. / Wallace, J.C. / Bach, L.A. / Norton, R.S.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: C-Terminal Domain of Insulin-like Growth Factor (IGF) Binding Protein 6: Conformational Exchange and Its Correlation with IGF-II Binding
著者: Yao, S. / Headey, S.J. / Keizer, D.W. / Bach, L.A. / Norton, R.S.
履歴
登録2003年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin-like growth factor binding protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0761
ポリマ－12,0761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #20closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Insulin-like growth factor binding protein 6 / IGFBP-6 / IBP-6 / IGF-binding protein 6


分子量: 12076.315 Da / 分子数: 1
断片: C-terminal Domain, sequence database resiude 161-240
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGFBP6, IBP6 / プラスミド: pProEX HTb / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P24592

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
131HNHA
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 3D heteronuclear techniques.

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試料調製

詳細内容: 1 mM protein 10 mM sodium acetate 0.02 % sodium azide
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 10 mM sodium acetate / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker8003

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解析

NMR software
名称バージョン分類
XwinNMR3.5collection
XEASY1.3.13データ解析
CYANA1.0.3精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1067 restraints, 912 are NOE-derived distance constraints, 145 dihedral angle restraints,10 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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