PDB-1rme: DNA (5'-D(MCYP*CP*TP*CP*C)-3') tetramer, NMR, 1 structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rme

タイトル

DNA (5'-D(MCYP*CP*TP*CP*C)-3') tetramer, NMR, 1 structure

要素

DNA (5'-D(*(MCY)P*CP*TP*CP*C)-3')

キーワード

DNA / DEOXYRIBONUCLEIC ACID / I-MOTIF / TETRAMER

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Nonin, S. / Leroy, J.-L.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Structure and conversion kinetics of a bi-stable DNA i-motif: broken symmetry in the [d(5mCCTCC)]4 tetramer.
著者: Nonin, S. / Leroy, J.L.

履歴

登録	1996年7月12日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1997年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年3月14日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other / Source and taxonomy カテゴリ: ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair ...ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_nmr_exptl / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 / _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt ..._ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 / _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt / _ndb_struct_na_base_pair_step.twist / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_software.authors / _struct_conn.details / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rme.cif.gz	20 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rme.ent.gz	13.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rme.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1rme_validation.pdf.gz	309.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1rme_full_validation.pdf.gz	313.1 KB	表示
XML形式データ	1rme_validation.xml.gz	2.2 KB	表示
CIF形式データ	1rme_validation.cif.gz	2.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/1rme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/1rme	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1gpt-d 6vnz-d 1i25-d 3wny-1 3odv-2 1mm0-d 1ptr-d 3wny-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*(MCY)P*CP*TP*CP*C)-3')

B: DNA (5'-D(*(MCY)P*CP*TP*CP*C)-3')

C: DNA (5'-D(*(MCY)P*CP*TP*CP*C)-3')

D: DNA (5'-D(*(MCY)P*CP*TP*CP*C)-3')

5.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 24	structures with the least restraint violations
代表モデル

#1: DNA鎖	DNA (5'-D((MCY)PCPTPCPC)-3') 分子量: 1350.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成 / 詳細: TETRAMER FORMED BY FOUR 5MCCTCC STRANDS / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	1H EXCHANGE
1	4	1	NOESY-ROESY
1	5	2	TOCSY
1	6	2	NOESY

-
試料調製

詳細

タイプ	Solution-ID	内容	Label	溶媒系
solution	1	8 mM d(5mCCTCC), 90% H20/10% D2O	sample_1	90% H2O/10% D2O
solution	2	8 mM d(5mCCTCC), 100% D2O	sample_2	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
8 mM	d(5mCCTCC)	1
8 mM	d(5mCCTCC)	2

試料状態

pH: 4.6 / Temperature units: K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Home-built HOME MADE SPECTROMETER	Home-built	HOME MADE SPECTROMETER	360	1
Bruker AMX	Bruker	AMX	600	2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.1	モデル構築
X-PLOR	3.1	精密化
X-PLOR	3.1	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
X-PLOR	3.1	BRUNGER	構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 24 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

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