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- PDB-1rm8: Crystal structure of the catalytic domain of MMP-16/MT3-MMP: Char... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rm8
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of MMP-16/MT3-MMP: Characterization of MT-MMP specific features
要素Matrix metalloproteinase-16
キーワードHYDROLASE / MMP-16 / MT3-MMP / MT-MMP / Membrane Type - Matrix Metalloproteinase / Batimastat / Hydroxamate inhibitor / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


craniofacial suture morphogenesis / chondrocyte proliferation / TGFBR3 PTM regulation / endochondral ossification / embryonic cranial skeleton morphogenesis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / Activation of Matrix Metalloproteinases / metalloaminopeptidase activity / collagen catabolic process / extracellular matrix organization ...craniofacial suture morphogenesis / chondrocyte proliferation / TGFBR3 PTM regulation / endochondral ossification / embryonic cranial skeleton morphogenesis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / Activation of Matrix Metalloproteinases / metalloaminopeptidase activity / collagen catabolic process / extracellular matrix organization / extracellular matrix / enzyme activator activity / skeletal system development / protein processing / metalloendopeptidase activity / Golgi lumen / cell surface / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M10A, matrix metallopeptidase, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3377) / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily ...Peptidase M10A, matrix metallopeptidase, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3377) / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BAT / Matrix metalloproteinase-16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lang, R. / Braun, M. / Sounni, N.E. / Noel, A. / Frankenne, F. / Foidart, J.-M. / Bode, W. / Maskos, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the catalytic domain of MMP-16/MT3-MMP: characterization of MT-MMP specific features.
著者: Lang, R. / Braun, M. / Sounni, N.E. / Noel, A. / Frankenne, F. / Foidart, J.M. / Bode, W. / Maskos, K.
履歴
登録2003年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月8日Group: Structure summary
改定 1.42021年7月28日Group: Advisory / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / refine / struct_conn / struct_site
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix metalloproteinase-16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5636
ポリマ－18,8751
非ポリマー6895
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.210, 51.210, 149.368
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Matrix metalloproteinase-16 / E.C.3.4.24.- / MMP-16 / MT3-MMP / Membrane-type matrix metalloproteinase 3 / MT-MMP 3 / MTMMP3 / Membrane-type-3 ...MMP-16 / MT3-MMP / Membrane-type matrix metalloproteinase 3 / MT-MMP 3 / MTMMP3 / Membrane-type-3 matrix metalloproteinase / MT3MMP / MMP-X2


分子量: 18874.764 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: complexed with Batimastat (bb94) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pT7cdMP3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P51512, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-BAT / 4-(N-HYDROXYAMINO)-2R-ISOBUTYL-2S-(2-THIENYLTHIOMETHYL)SUCCINYL-L-PHENYLALANINE-N-METHYLAMIDE / BATIMASTAT / BB94 / バチマスタット


分子量: 477.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H31N3O4S2 / コメント: 阻害剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Tris-HCl, Sodium/potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMTris-HCl1droppH8.5
2100 mM1dropNaCl
35 mM1dropCaCl2
410 mg/mlcdMT3-MMP1drop
50.5 mg/mlbatimastat1drop
6100 mMTris-HCl1reservoirpH8.7
71.1 Msodium phosphate-tartrate1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU30011.5418
シンクロトロンMPG/DESY, HAMBURG BW621.0503
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1999年4月7日mirrors
MARRESEARCH2CCD1999年9月18日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.05031
反射解像度: 1.8→16.6 Å / Num. obs: 18455 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / Biso Wilson estimate: 23.51 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1090 / Rsym value: 0.327 / % possible all: 91.1
反射
*PLUS
最低解像度: 16.6 Å / Num. measured all: 119029 / Rmerge(I) obs: 0.083
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.9 Å / % possible obs: 91.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Pdb code 1bqq

1bqq


解像度: 1.8→16.6 Å / Isotropic thermal model: overall temperature factors / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23644 900 -Random
Rwork0.20768 ---
all0.20907 ---
obs0.20907 18455 96.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.509 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→16.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1338 0 36 115 1489
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.712
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 16.6 Å / Num. reflection obs: 17555 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor Rfree: 0.236 / Rfactor Rwork: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.712

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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