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- PDB-3fn6: Crystal structure of sortase A from Streptococcus pyogenes seroty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fn6
タイトルCrystal structure of sortase A from Streptococcus pyogenes serotype M1 strain SF370 with the active site Cys in its sulphenic acid form
要素Sortase A
キーワードHYDROLASE / sortase-fold
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sortase A / Sortase; Chain: A; / Sortase / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Banfield, M.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of Streptococcus pyogenes Sortase A: Implications for Sortase mechanism
著者: Race, P.R. / Bentley, M.L. / Melvin, J.A. / Crow, A. / Hughes, R.K. / Smith, W.D. / Sessions, R.B. / Kehoe, M.A. / McCafferty, D.G. / Banfield, M.J.
履歴
登録2008年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4961
ポリマ－20,4961
非ポリマー00
水2,864159
1
A: Sortase A

A: Sortase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9922
ポリマ－40,9922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14830 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.951, 69.799, 39.867
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Sortase A


分子量: 20496.186 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
株: serotype M1 strian SF370 / 遺伝子: M5005_Spy0875, Spy1154, SPy_1154 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q99ZN4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Tris (pH 6 - 7), 20 30 % (w/v) polyethyleneglycol (PEG) 8000 and 200 mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月1日
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→26.26 Å / Num. all: 15111 / Num. obs: 15111 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 2170 / Rsym value: 0.258 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0067精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1T2P

1t2p


解像度: 1.9→26.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.125 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22728 761 5 %RANDOM
Rwork0.18743 ---
all0.1894 14325 --
obs0.1894 14325 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.89 Å20 Å20 Å2
2---0.86 Å20 Å2
3---2.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→26.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1345 0 0 159 1504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221370
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5921.9761864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.932212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3645181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.24125.71456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.22615235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.519154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02250
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9931.5877
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2451.5362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74521423
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4813493
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0234.5437
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 62 -
Rwork0.213 1028 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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