+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rm4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of recombinant photosynthetic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A4 isoform, complexed with NADP | ||||||
要素 | Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase A | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / GAPDH-NADP complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ (NADP+) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) activity / reductive pentose-phosphate cycle / アポプラスト / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / 葉緑体 / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Spinacia oleracea (ホウレンソウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Sparla, F. / Fermani, S. / Falini, G. / Ripamonti, A. / Sabatino, P. / Pupillo, P. / Trost, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Coenzyme Site-directed Mutants of Photosynthetic A(4)-GAPDH Show Selectively Reduced NADPH-dependent Catalysis, Similar to Regulatory AB-GAPDH Inhibited by Oxidized Thioredoxin 著者: Sparla, F. / Fermani, S. / Falini, G. / Zaffagnini, M. / Ripamonti, A. / Sabatino, P. / Pupillo, P. / Trost, P. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: The dual coenzyme specificity of photosynthetic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase interpreted by the crystal structure of A4 isoform complexed with NAD 著者: Falini, G. / Fermani, S. / Ripamonti, A. / Sabatino, P. / Sparla, F. / Pupillo, P. / Trost, P. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of the non-regulatory A4 isoform of spinach chloroplast glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase complexed with NADP 著者: Fermani, S. / Ripamonti, A. / Sabatino, P. / Zanotti, G. / Scagliarini, S. / Sparla, F. / Trost, P. / Pupillo, P. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rm4.cif.gz | 219 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1rm4.ent.gz | 174.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rm4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/1rm4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/1rm4 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| |||||||||||||||
詳細 | The biological assembly is a tetramer (OPQR) generated from the monomer O by the operations: monomer R -x, y, -z and translation 0, 0, 2; monomer Q x, -y, -z and translation 0, 1, 2; monomer P -x, -y, z and translation 0, 1, 0. A second tetramer is generated from dimer AB by the operations: 1/2-x, 3/2-y, z and translation 0, 0, 0. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36256.391 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) 遺伝子: GapA / 器官: leaves / Organelle: chloroplasts葉緑体 / プラスミド: PET-28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P19866, グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ (NADP+) #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.1 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: ammonium sulphate, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月19日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→76 Å / Num. all: 94456 / Num. obs: 81938 / % possible obs: 52 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 24.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 7906 / Rsym value: 0.115 / % possible all: 37.6 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1JN0 解像度: 2→69.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 4753767.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.3863 Å2 / ksol: 0.394412 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→69.95 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|