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- PDB-1rlv: Crystal structure of a dimeric Archaeal Splicing Endonuclease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rlv
タイトルCrystal structure of a dimeric Archaeal Splicing Endonuclease
要素Putative tRNA-intron endonuclease
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / nucleic acid binding / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #150 / tRNA-splicing endonuclease, archaeal long subfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain superfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily ...Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #150 / tRNA-splicing endonuclease, archaeal long subfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain superfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA-splicing endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Li, H. / Abelson, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of a dimeric Archaeal Splicing Endonuclease
著者: Li, H. / Abelson, J.
履歴
登録2003年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative tRNA-intron endonuclease
B: Putative tRNA-intron endonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0002
ポリマ－72,0002
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area26040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.817, 126.817, 130.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Putative tRNA-intron endonuclease


分子量: 36000.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: ENDA, AF0900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O29362, EC: 3.1.27.9

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: Pipes, KCL, ammonium sulfate, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
2100 mMPIPES1reservoirpH6.5
325-40 mMammonium sulfate1reservoir
4120-200 mM1reservoirKCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9795, 0.9793, 0.9998, 0.9686
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月19日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97931
30.99981
40.96861
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 21746 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 291694 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.189 / Mean I/σ(I) obs: 9.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→19.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2682129.68 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1027 4.9 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 21150 97 %-
all-21150 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.3175 Å2 / ksol: 0.369706 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.99 Å20 Å20 Å2
2---6.99 Å20 Å2
3---13.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5058 0 0 0 5058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d28
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.54
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 145 4.3 %
Rwork0.229 3243 -
obs--94.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.277
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.025
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg28
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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