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- PDB-1rlc: CRYSTAL STRUCTURE OF THE UNACTIVATED RIBULOSE 1, 5-BISPHOSPHATE C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rlc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE UNACTIVATED RIBULOSE 1, 5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE(SLASH)OXYGENASE COMPLEXED WITH A TRANSITION STATE ANALOG, 2-CARBOXY-D-ARABINITOL 1,5-BISPHOSPHATE
要素
  • RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (LARGE CHAIN)
  • RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (SMALL CHAIN)
キーワードLYASE(CARBON-CARBON)
機能・相同性
機能・相同性情報


photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / plasmodesma / chloroplast / monooxygenase activity / defense response to virus / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain ...Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / : / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhang, K.Y.J. / Cascio, D. / Eisenberg, D.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of the unactivated ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase complexed with a transition state analog, 2-carboxy-D-arabinitol 1,5-bisphosphate.
著者: Zhang, K.Y. / Cascio, D. / Eisenberg, D.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure of the Unactivated Form of Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase(Slash)Oxygenase from Tobacco Refined at 2.0 Angstroms Resolution
著者: Curmi, P.M.G. / Cascio, D. / Sweet, R.M. / Eisenberg, D. / Schreuder, H.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1988
タイトル: Tertiary Structure of Plant Rubisco: Domains and Their Contacts
著者: Chapman, M.S. / Suh, S.W. / Curmi, P.M.G. / Cascio, D. / Smith, W.W. / Eisenberg, D.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: Sliding-Layer Conformational Change Limited by the Quaternary Structure of Plant Rubisco
著者: Chapman, M.S. / Suh, S.W. / Cascio, D. / Smith, W.W. / Eisenberg, D.
履歴
登録1993年8月4日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (LARGE CHAIN)
S: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (SMALL CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8973
ポリマ－67,5412
非ポリマー3561
水00
1
L: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (LARGE CHAIN)
S: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (SMALL CHAIN)
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)543,17424
ポリマ－540,32516
非ポリマー2,8498
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation6_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area92770 Å2
ΔGint-347 kcal/mol
Surface area121340 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)149.000, 149.000, 136.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Atom site foot note1: PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION GLN L 45 - PRO L 46 OMEGA ANGLE = 112.902
2: RESIDUES VAL L 90 - GLN L 96, THR L 330 - ASP L 340, AND PHE S 104 - VAL S 110 HAVE VERY HIGH TEMPERATURE FACTORS.
3: CIS PROLINE - PRO L 176

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要素

#1: タンパク質 RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (LARGE CHAIN)


分子量: 52967.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ)
参照: EMBL: Z00044, UniProt: P00876*PLUS, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質 RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (SMALL CHAIN)


分子量: 14573.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: P69249, ribulose-bisphosphate carboxylase
#3: 糖 ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE


タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.2 M1reservoirKH2PO4
20.3 Mammonium sulfate1reservoir
31 mM1reservoirNaN3
430-70 %(v/v)rubisco1drop
50.2 M1dropKH2PO4
60.3 Mammonium sulfate1drop
71 mM1dropNaN3

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 19091 / % possible obs: 92 % / Num. measured all: 69151 / Rmerge(I) obs: 0.092

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.196 / Rfactor obs: 0.196 / 最高解像度: 2.7 Å
詳細: RESIDUES VAL L 90 - GLN L 96, THR L 330 - ASP L 340, AND PHE S 104 - VAL S 110 HAVE VERY HIGH TEMPERATURE FACTORS.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4484 0 21 0 4505
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.63
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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