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- PDB-1rl1: Solution structure of human Sgt1 CS domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rl1
タイトルSolution structure of human Sgt1 CS domain
要素Suppressor of G2 allele of SKP1 homolog
キーワードPROTEIN DEGRADATION / beta sandwich / 7 beta strands / similar to p23 / lacking last beta strand seen in p23
機能・相同性
機能・相同性情報


skeletal muscle satellite cell proliferation / kinetochore assembly / spindle organization / lncRNA binding / The NLRP3 inflammasome / ubiquitin ligase complex / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / regulation of protein stability / kinetochore / protein-folding chaperone binding ...skeletal muscle satellite cell proliferation / kinetochore assembly / spindle organization / lncRNA binding / The NLRP3 inflammasome / ubiquitin ligase complex / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / regulation of protein stability / kinetochore / protein-folding chaperone binding / nuclear body / protein-containing complex / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein Sgt1-like / SGS domain / SGS domain / SGS domain profile. / CS domain / CS domain / CS domain profile. / Immunoglobulin-like - #790 / HSP20-like chaperone / Tetratricopeptide repeat ...Protein Sgt1-like / SGS domain / SGS domain / SGS domain profile. / CS domain / CS domain / CS domain profile. / Immunoglobulin-like - #790 / HSP20-like chaperone / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein SGT1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Distance Geometry, restrained Molecular Dynamics
データ登録者Lee, Y.-T. / Jacob, J. / Michowski, W. / Nowotny, M. / Kuznicki, J. / Chazin, W.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Human Sgt1 Binds HSP90 through the CHORD-Sgt1 Domain and Not the Tetratricopeptide Repeat Domain
著者: Lee, Y.-T. / Jacob, J. / Michowski, W. / Nowotny, M. / Kuznicki, J. / Chazin, W.J.
履歴
登録2003年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Suppressor of G2 allele of SKP1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1241
ポリマ－13,1241
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #19lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Suppressor of G2 allele of SKP1 homolog / Sgt1 / Putative 40-6-3 protein


分子量: 13124.117 Da / 分子数: 1 / 断片: CS domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUGT1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9Y2Z0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 15N-1H HSQC
1213D 15N-edited NOESY
1323D HN(CA)CB
1423D CBCA(CO)NH
1523D HNCO
1623D C(CCO)NH
1723D H(CCO)NH
1823D HBHA(CCO)NH
1932D 13C-1H CT-HSQC
11033D (H)CCH-TOCSY
11133D 13C-edited NOESY
11242D 13C-1H CT-HSQC
11352D 1H-TOCSY
11452D DQ

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-2 mM Sgt1 CS domain U-15N, 20 mM Acetic Acid, 5 mM DTT, 93% H2O, 7% D2O93% H2O/7% D2O
21-2 mM Sgt1 CS domain U-15N,U-13C, 20 mM Acetic Acid, 5 mM DTT, 93% H2O, 7% D2O93% H2O/7% D2O
31-2 mM Sgt1 CS domain U-13C, 20 mM Acetic Acid, 5 mM DTT, 100% D2O100% D2O
41-2 mM Sgt1 CS domain, 10%-13C, 20 mM Acetic Acid pH 4.5, 5 mM DTT, 100% D2O100% D2O
51-2 mM Sgt1 CS domain, 20 mM Acetic Acid, 5 mM DTT, 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 40 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio解析
SparkyGoddard, Knellerデータ解析
PIPP4.3.2.SGIGarrettデータ解析
DYANA1.5Guntert構造決定
Amber7Pearlman精密化
精密化手法: Distance Geometry, restrained Molecular Dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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