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- PDB-1rkd: E. COLI RIBOKINASE COMPLEXED WITH RIBOSE AND ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rkd
タイトルE. COLI RIBOKINASE COMPLEXED WITH RIBOSE AND ADP
要素RIBOKINASE
キーワードCARBOHYDRATE KINASE / RIBOSE / NUCLEOTIDE BINDING / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ribokinase / ribokinase activity / D-ribose catabolic process / protein homodimerization activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribokinase / Ribokinase/fructokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / alpha-D-ribofuranose / Ribokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Sigrell, J.A. / Cameron, A.D. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Structure of Escherichia coli ribokinase in complex with ribose and dinucleotide determined to 1.8 A resolution: insights into a new family of kinase structures.
著者: Sigrell, J.A. / Cameron, A.D. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Purification, Characterization, and Crystallization of Escherichia Coli Ribokinase
著者: Sigrell, J.A. / Cameron, A.D. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986
タイトル: Ribokinase from Escherichia Coli K12. Nucleotide Sequence and Overexpression of the Rbsk Gene and Purification of Ribokinase
著者: Hope, J.N. / Bell, A.W. / Hermodson, M.A. / Groarke, J.M.
履歴
登録1997年11月29日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOKINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0885
ポリマ－32,3201
非ポリマー7674
水3,261181
1
A: RIBOKINASE
ヘテロ分子

A: RIBOKINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,17510
ポリマ－64,6412
非ポリマー1,5358
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area5260 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area23120 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)95.400, 95.400, 154.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-313-

PO4

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要素

#1: タンパク質 RIBOKINASE


分子量: 32320.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
解説: THE RBSK GENE WAS CLONED BEHIND A TRP-PROMOTER, FORMING THE PLASMID PJGK10
細胞株: S2 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: RBSK / プラスミド: PJGK10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MRI240 / 参照: UniProt: P0A9J6, ribokinase
#2: 糖 ChemComp-RIB / alpha-D-ribofuranose / alpha-D-ribose / D-ribose / ribose / α-D-リボフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DRibfaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-ribofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-RibfIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RibSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 8.4
詳細: CRYSTALS WERE GROWN IN THE PRESENCE OF 0.5 MM RIBOSE, 10 MM AMP-PNP AND 10 MM MGCL2 USING 2.1-2.4 M NH4H2PO4 AS PRECIPITANT AND BUFFERED TO PH 8.4 WITH 0.1 M TRIS-HCL.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sigrell, J.A., (1997) Protein Sci., 6, 2474.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15.5 mg/mlribokinase1drop
210 mMTris-HCl1drop
30.1 M1dropNaCl
40.5 mMribose1drop
510 mMLi AMP-PNP1drop
610 mM1dropMgCl2
71.05-1.2 M1dropNH4H2PO4
80.05 MTris-HCl1drop
9ammonium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8893
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→30 Å / Num. obs: 35015 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 1.84→1.87 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / % possible all: 97.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 279852
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.84→28 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: THE BULK SOLVENT CORRECTION WAS CALCULATED IN X-PLOR. AMP-PNP WAS INCLUDED IN THE CRYSTALLIZATION MIXTURE, BUT THE GAMMA-PHOSPHATE COULD NOT BE DETECTED. THE AUTHORS THEREFORE TREAT ...詳細: THE BULK SOLVENT CORRECTION WAS CALCULATED IN X-PLOR. AMP-PNP WAS INCLUDED IN THE CRYSTALLIZATION MIXTURE, BUT THE GAMMA-PHOSPHATE COULD NOT BE DETECTED. THE AUTHORS THEREFORE TREAT HYDROLYSED ATP-ANALOGUE AS ADP IN THE MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 3542 10 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.221 35013 95.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2248 0 47 181 2476
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0280.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0330.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.42
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it22.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.54
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it56
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.130.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.180.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.250.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.150.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.27
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.215
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor29.620
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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