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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rjq | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the D-aminoacylase mutant D366A | ||||||
![]() | D-aminoacylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / TIM barrel / beta barrel / insertion | ||||||
機能・相同性 | ![]() N-acyl-D-amino-acid deacylase / N-acyl-D-amino-acid deacylase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lai, W.L. / Chou, L.Y. / Ting, C.Y. / Tsai, Y.C. / Liaw, S.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The functional role of the binuclear metal center in D-aminoacylase: one-metal activation and second-metal attenuation. 著者: Lai, W.L. / Chou, L.Y. / Ting, C.Y. / Kirby, R. / Tsai, Y.C. / Wang, A.H. / Liaw, S.H. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of D-aminoacylase from Alcaligenes faecalis DA1. A novel subset of amidohydrolases and insights into the enzyme mechanism 著者: Liaw, S.H. / Chen, S.J. / Ko, T.P. / Hsu, C.S. / Chen, C.J. / Wang, A.H. / Tsai, Y.C. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002 タイトル: Structural-based mutational analysis of D-aminoacylase from Alcaligenes faecalis DA1 著者: Hsu, C.S. / Lai, W.L. / Chang, W.W. / Liaw, S.H. / Tsai, Y.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 109.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 443.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53422.227 Da / 分子数: 1 / 変異: D366A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: DA1 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.13 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG4000, ammonium acetate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年4月4日 / 詳細: mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 53130 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 5077 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 87.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1M7J 解像度: 1.8→32.4 Å / Isotropic thermal model: isotropic B / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.9 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å
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