PDB-1rjh: Structure of the Calcium Free Form of the C-type Lectin-like Doma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rjh

タイトル

Structure of the Calcium Free Form of the C-type Lectin-like Domain of Tetranectin

要素

Tetranectin

キーワード

PROTEIN BINDING / Apo / Calcium Free / CTLD / C-type Lectin-like Domain / Plasminogen kringle 4 binding / Tetranectin / Trans Proline

機能・相同性

機能・相同性情報

kringle domain binding / granular component / platelet dense granule lumen / positive regulation of plasminogen activation / bone mineralization / ossification / Platelet degranulation / heparin binding / carbohydrate binding / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing protocol with an explicit layer of water

データ登録者

Nielbo, S. / Thomsen, J.K. / Graversen, J.H. / Etzerodt, M. / Poulsen, F.M. / Thoegersen, H.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Structure of the Plasminogen Kringle 4 Binding Calcium-Free Form of the C-Type Lectin-Like Domain of Tetranectin.
著者: Nielbo, S. / Thomsen, J.K. / Graversen, J.H. / Jensen, P.H. / Etzerodt, M. / Poulsen, F.M. / Thoegersen, H.C.

履歴

登録	2003年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rjh.cif.gz	687.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rjh.ent.gz	575 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rjh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/1rjh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/1rjh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1htn 1tn3
類似構造データ	3cu5-2 5btx-2 1m2e-d 2brs-2 1uef-2 4mpo-7 6y7q-d 3p5g-1 3f3q-d 7l68-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (8) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (8) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tetranectin

13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	all calculated structures submitted
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Tetranectin / TN / Plasminogen-kringle 4 binding protein 分子量: 13059.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNA / プラスミド: pT7H6FXaTN3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P05452
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using standard spectra from the Varian Protein NMR pack.

-
試料調製

詳細	内容: 0.6 mM U-15N-13C; / 溶媒系: 90% H20, 10% D20, 1 mM NaN3, 2 mM EDTA, pH 6.7
試料状態	イオン強度: 1 mM NaN3, 2 mM EDTA / pH: 6.7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1	Varian	collection
NMRPipe	1	Delaglio	解析
Pronto	20020313	Kjaer	データ解析
X-PLOR	98.1	Brunger	データ解析
CYANA	1.0.6	Guentert	構造決定
CNS	1.1	Brunger	構造決定
CNS	1.1	Brunger	精密化

精密化

手法: simulated annealing protocol with an explicit layer of water
ソフトェア番号: 1
詳細: The structure is based on 1552 NOE-derived distance restraints and 194 Dihedral angle restraints.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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