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万見
- PDB-1rj2: Crystal structure of the DH/PH fragment of Dbs without bound GTPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rj2
タイトルCrystal structure of the DH/PH fragment of Dbs without bound GTPase
要素Guanine nucleotide exchange factor DBS [Fragment]
キーワードSIGNALING PROTEIN / Dbl homology / Pleckstrin homology / Guanine nucleotide exchange factor / Rho GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOB GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / G alpha (12/13) signalling events / RHOG GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / 1-phosphatidylinositol binding ...RHOB GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / G alpha (12/13) signalling events / RHOG GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / 1-phosphatidylinositol binding / RHOA GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / RHOA GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / Rho protein signal transduction / phosphatidylinositol binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / lamellipodium / intracellular signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DBS, SH3 domain / DBS, PH domain / : / Guanine nucleotide exchange factor DBS-like, spectrin-like / : / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Divergent CRAL/TRIO domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. ...DBS, SH3 domain / DBS, PH domain / : / Guanine nucleotide exchange factor DBS-like, spectrin-like / : / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Divergent CRAL/TRIO domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / : / SOS1/NGEF-like PH domain / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide exchange factor DBS / Guanine nucleotide exchange factor DBS
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Worthylake, D.K. / Rossman, K.L. / Sondek, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the DH/PH fragment of Dbs without bound GTPase.
著者: Worthylake, D.K. / Rossman, K.L. / Sondek, J.
履歴
登録2003年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide exchange factor DBS [Fragment]
D: Guanine nucleotide exchange factor DBS [Fragment]
G: Guanine nucleotide exchange factor DBS [Fragment]
J: Guanine nucleotide exchange factor DBS [Fragment]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,8814
ポリマ－164,8814
非ポリマー00
水27015
1
A: Guanine nucleotide exchange factor DBS [Fragment]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2201
ポリマ－41,2201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Guanine nucleotide exchange factor DBS [Fragment]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2201
ポリマ－41,2201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Guanine nucleotide exchange factor DBS [Fragment]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2201
ポリマ－41,2201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Guanine nucleotide exchange factor DBS [Fragment]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2201
ポリマ－41,2201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.989, 82.824, 127.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.80, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Guanine nucleotide exchange factor DBS [Fragment] / DBL's big sister / MCF2 transforming sequence-like protein / OST oncogene


分子量: 41220.332 Da / 分子数: 4 / 断片: DH/PH fragment (residues 498-842) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: MCF2L, OST / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q63406, UniProt: Q64096*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Na HEPES, PEG 20K, ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 40298 / Num. obs: 40298 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 92.1 Å2 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 3645 / Rsym value: 0.821 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BEASTモデル構築
CNS1.1精密化
BEAST位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KZ7 (DH and PH domains)

1kz7


解像度: 3→30 Å / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2957 2007 5 %random
Rwork0.2391 ---
all-41093 --
obs-40099 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 89.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.53 Å20 Å29.399 Å2
2---1.082 Å20 Å2
3----12.449 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.58 Å0.45 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.6 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10355 0 0 15 10370
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0076
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.26742

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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