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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ril | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF RIBONUCLEASE H FROM THERMUS THERMOPHILUS HB8 REFINED AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
![]() | RIBONUCLEASE H | ||||||
![]() | HYDROLASE(ENDORIBONUCLEASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Ishikawa, K. / Okumura, M. / Katayanagi, K. / Kimura, S. / Kanaya, S. / Nakamura, H. / Morikawa, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of ribonuclease H from Thermus thermophilus HB8 refined at 2.8 A resolution. 著者: Ishikawa, K. / Okumura, M. / Katayanagi, K. / Kimura, S. / Kanaya, S. / Nakamura, H. / Morikawa, K. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Ribonuclease H from Thermus Thermophilus Hb8 著者: Okumura, M. / Ishikawa, K. / Kanaya, S. / Itaya, M. / Morikawa, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 40.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 365.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 382.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE 17 IS A CIS PROLINE. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18763.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P29253, ribonuclease H |
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配列の詳細 | THE NUMBERING OF THE AMINO ACIDS CONFORMS TO THAT OF ESCHERICHIA COLI RNASE HI, IN ORDER TO ...THE NUMBERING OF THE AMINO ACIDS CONFORMS TO THAT OF ESCHERICHI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 9.8 / 手法: unknown詳細: taken from Okumura, M. et al (1993). Proteins Struct. Funct. Genet., 15, 108-111. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 4766 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 1 / Num. measured all: 46156 / Rmerge(I) obs: 0.093 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.8→8 Å / σ(F): 1 詳細: THERE ARE TWO REGIONS OF LOW (OR NO) DENSITY, CONSISTING OF MET -4 - PRO 1 (N TERMINUS) AND PRO 148 - ALA 161 (C TERMINUS).
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 4766 / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |