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万見
- PDB-1rhd: STRUCTURE OF BOVINE LIVER RHODANESE. I. STRUCTURE DETERMINATION A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rhd
タイトルSTRUCTURE OF BOVINE LIVER RHODANESE. I. STRUCTURE DETERMINATION AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION AND A COMPARISON OF THE CONFORMATION AND SEQUENCE OF ITS TWO DOMAINS
要素RHODANESE
キーワードTRANSFERASE(THIOSULFATE / CYANIDE SULFUR)
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA transport / 3-mercaptopyruvate sulfurtransferase activity / thiosulfate sulfurtransferase / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / rRNA import into mitochondrion / 5S rRNA binding / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Sulfurtransferase TST/MPST-like / Rhodanese signature 1. / Rhodanese C-terminal signature. / Thiosulphate sulfurtransferase, conserved site / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily ...Sulfurtransferase TST/MPST-like / Rhodanese signature 1. / Rhodanese C-terminal signature. / Thiosulphate sulfurtransferase, conserved site / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiosulfate sulfurtransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hol, W.G.J. / Ploegman, J.H. / Kalk, K.H. / Drent, G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: Structure of bovine liver rhodanese. I. Structure determination at 2.5 A resolution and a comparison of the conformation and sequence of its two domains.
著者: Ploegman, J.H. / Drent, G. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1983
タイトル: Binding of Metal Cyanide Complexes to Bovine Liver Rhodanese in the Crystalline State
著者: Lijk, L.J. / Kalk, K.H. / Brandenburg, N.P. / Hol, W.G.J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: The Structure of Bovine Liver Rhodanese. II. The Active Site in the Sulfur-Substituted and the Sulfur-Free Enzyme
著者: Ploegman, J.H. / Drent, G. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1975
タイトル: The Double Domain Structure of Rhodanese
著者: Bergsma, J. / Hol, W.G.J. / Jansonius, J.N. / Kalk, K.H. / Ploegman, J.H. / Smit, J.D.G.
#4: ジャーナル: Thesis / 年: 1977
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Bovine Liver Rhodanese
著者: Ploegman, J.H.
#5: ジャーナル: Isr.J.Chem. / 年: 1974
タイトル: The Structure of Rhodanese at 4 Angstroms Resolution. The Conformation of the Polypeptide Chain
著者: Smit, J.D.G. / Ploegman, J.H. / Pierrot, M. / Kalk, K.H. / Jansonius, J.N. / Drenth, J.
#7: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1971
タイトル: Crystallographic Data for Rhodanese from Bovine Liver
著者: Drenth, J. / Smit, J.D.G.
#6: ジャーナル: Thesis / 年: 1973
著者: Smit, J.D.G.
履歴
登録1977年11月23日処理サイト: BNL
改定 1.01978年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHODANESE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9821
ポリマ－32,9821
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.100, 49.000, 42.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 RHODANESE


分子量: 32982.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00586, thiosulfate sulfurtransferase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.18 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.3 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.0 Mammonium sulfate11
21 mMsodium thiosulfate11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

精密化最高解像度: 2.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2326 0 0 0 2326
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 10102
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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