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万見
- PDB-1rh8: Three-dimensional structure of the calcium-free Piccolo C2A-domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rh8
タイトルThree-dimensional structure of the calcium-free Piccolo C2A-domain
要素Piccolo protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


rod spherule / regulation of ubiquitin protein ligase activity / presynaptic active zone assembly / cone cell pedicle / cytoskeleton of presynaptic active zone / positive regulation of synaptic vesicle recycling / structural constituent of presynaptic active zone / presynaptic actin cytoskeleton organization / regulation of endosome size / ribbon synapse ...rod spherule / regulation of ubiquitin protein ligase activity / presynaptic active zone assembly / cone cell pedicle / cytoskeleton of presynaptic active zone / positive regulation of synaptic vesicle recycling / structural constituent of presynaptic active zone / presynaptic actin cytoskeleton organization / regulation of endosome size / ribbon synapse / synaptic vesicle targeting / synaptic vesicle clustering / inhibitory synapse / presynaptic active zone cytoplasmic component / regulation of exocytosis / profilin binding / protein localization to synapse / calcium-dependent phospholipid binding / insulin secretion / Golgi-associated vesicle / parallel fiber to Purkinje cell synapse / modulation of excitatory postsynaptic potential / presynaptic active zone / cytoskeleton organization / transcription corepressor binding / GABA-ergic synapse / trans-Golgi network / synapse organization / terminal bouton / neuromuscular junction / growth cone / postsynaptic density / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, piccolo-type / Piccolo, FYVE-related domain 1 / Piccolo Zn-finger / : / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily ...Zinc finger, piccolo-type / Piccolo, FYVE-related domain 1 / Piccolo Zn-finger / : / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Garcia, J. / Gerber, S.H. / Sugita, S. / Sudhof, T.C. / Rizo, J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: A conformational switch in the Piccolo C2A domain regulated by alternative splicing.
著者: Garcia, J. / Gerber, S.H. / Sugita, S. / Sudhof, T.C. / Rizo, J.
履歴
登録2003年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Piccolo protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4801
ポリマ－16,4801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Piccolo protein / Multidomain presynaptic cytomatrix protein


分子量: 16479.602 Da / 分子数: 1 / 断片: C2A-domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: PCLO / プラスミド: PGEX-KG / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9JKS6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 15N-separated TOCSY
132HN(CA)CB
142CBCA(CO)NH
1532D TOCSY
1632D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using additional triple resonance experiments.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8mM Piccolo C2A-domain U-15N, 20mM acetate (pH 6.0), 150mM NaCl, 1mM EDTA, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
20.8mM Piccolo C2A-domain U-15N,13C, 20mM acetate (pH 6.0), 150mM NaCl, 1mM EDTA, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
30.8mM Piccolo C2A-domain U-15N, 20 mM acetate (pH 6.0), 150 mM NaCl, 1 mM EDTA, 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 150mM NaCl / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVarian Associatescollection
NMRPipe2.2Delaglio解析
NMRView4.1.2Johsonデータ解析
CNS0.9Brunger構造決定
CNS0.9Brunger精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The final structures were calculated with a total of 2316 experimental restraints, including 1994 NOE distance restraints, 116 H-bond restraints and 206 torsion angle restraints.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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