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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rh6 | ||||||
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タイトル | Bacteriophage Lambda Excisionase (Xis)-DNA Complex | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA complex / DNA architectural protein / 'winged'-helix protein / phage excision / site-specific DNA recombination / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sam, M.D. / Cascio, D. / Johnson, R.C. / Clubb, R.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the excisionase-DNA complex from bacteriophage lambda. 著者: Sam, M.D. / Cascio, D. / Johnson, R.C. / Clubb, R.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4605.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4571.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 6793.799 Da / 分子数: 2 / Fragment: Xis DBD (residues 1-55) / Mutation: C28S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Lambda-like viruses / 遺伝子: xis / プラスミド: pet11a / 発現宿主: ![]() ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.38 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: NaOAc, imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→100 Å / Num. obs: 32190 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 93.1 % / Biso Wilson estimate: 24.125 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.78 Å / 冗長度: 95.8 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Num. unique all: 3280 / Rsym value: 0.152 / % possible all: 95.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.551 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /
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