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- PDB-1rgx: Crystal Structure of resisitin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rgx
タイトルCrystal Structure of resisitin
要素Resistin
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / HORMONE / GLUCOSE UPTAKE / RESISTIN/FIZZ FAMILY / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of collagen metabolic process / positive regulation of progesterone secretion / negative regulation of feeding behavior / positive regulation of smooth muscle cell migration / fat cell differentiation / positive regulation of synaptic transmission / Neutrophil degranulation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / response to insulin / hormone activity ...positive regulation of collagen metabolic process / positive regulation of progesterone secretion / negative regulation of feeding behavior / positive regulation of smooth muscle cell migration / fat cell differentiation / positive regulation of synaptic transmission / Neutrophil degranulation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / response to insulin / hormone activity / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #200 / Resistin head domain / Resistin-like molecule hormone family / Resistin-like superfamily / Resistin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.787 Å
データ登録者Patel, S.D. / Rajala, M.W. / Scherer, P.E. / Shapiro, L. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: Disulfide-dependent multimeric assembly of resistin family hormones
著者: Patel, S.D. / Rajala, M.W. / Rossetti, L. / Scherer, P.E. / Shapiro, L.
履歴
登録2003年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Resistin
B: Resistin
C: Resistin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5143
ポリマ－37,5143
非ポリマー00
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area13690 Å2
手法PISA
2
A: Resistin
B: Resistin
C: Resistin

A: Resistin
B: Resistin
C: Resistin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0286
ポリマ－75,0286
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_456-x-1,y,-z+11
Buried area13940 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area25280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.021, 52.475, 96.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.53, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Resistin / Cysteine-rich secreted protein FIZZ3 / Adipose tissue-specific secretory factor / ADSF / Adipose- ...Cysteine-rich secreted protein FIZZ3 / Adipose tissue-specific secretory factor / ADSF / Adipose-specific cysteine-rich secreted protein A12-alpha


分子量: 12504.670 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: RETN / プラスミド: pFM1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99P87
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 40% MPD, 8% PEG 5000MME, 0.2M MgCl2, 0.1M Na Acetate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 1.0542517 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月2日
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0542517 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.787→20 Å / Num. all: 23080 / Num. obs: 21591 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17.3 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.787→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.9999精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RFX

1rfx


解像度: 1.787→17.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 6.541 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24494 1087 4.8 %RANDOM
Rwork0.20377 ---
all0.20577 21591 --
obs0.20577 21591 97.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.408 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.787→17.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2000 0 0 179 2179
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0212053
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.021818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8441.9432789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78534247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.195269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.81124.16772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.94815344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6931512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02388
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2428
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.21827
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21160
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1190.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2680.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2410.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.661.51426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0721.5555
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.99222164
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1673784
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6094.5625
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.787→1.833 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.259 53
Rwork0.209 1467
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.30771.2515-0.56351.1646-0.40761.4337-0.37910.6535-0.3096-0.17850.2765-0.24480.2391-0.21090.1027-0.0056-0.07730.11630.2807-0.0669-0.10145.315-1.3717.83
21.9403-0.2324-0.71580.6778-0.04043.1796-0.0964-0.3377-0.10820.03990.0395-0.06980.27680.50190.0569-0.04650.03480.03140.24760.0326-0.105110.153-4.68721.252
34.7232-0.5071-1.06030.43110.23430.95320.1974-0.27350.44420.00880.0169-0.0581-0.0699-0.0963-0.2143-0.01070.02080.06760.16160.0289-0.1294-3.6133.20926.365
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA6 - 9426 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2BB9 - 9429 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 9421 - 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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