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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rfy | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Quorum-Sensing Antiactivator TraM | ||||||
![]() | Transcriptional repressor traM | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / inter- and intra-molcular two-helix coiled coil / homodimer | ||||||
機能・相同性 | Transcriptional repressor TraM / Transcriptional repressor TraM superfamily / Prokaryotic Transcriptional repressor TraM / HR1 repeat / Helix Hairpins / negative regulation of DNA-templated transcription / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Transcriptional repressor TraM![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, G. / Malenkos, J.W. / Cha, M.R. / Fuqua, C. / Chen, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Quorum-sensing antiactivator TraM forms a dimer that dissociates to inhibit TraR 著者: Chen, G. / Malenkos, J.W. / Cha, M.R. / Fuqua, C. / Chen, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 422 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 422.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | the second protomer of the biological assembly is generated by the two-fold axis: 2-x, 1-y, z the second protomer of the biological assembly is generated by the two-fold axis: 1.5-x, 0.5-y, z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11365.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: traM / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: amonium acetate, sodium citrate, PEG 2000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月17日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9636 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→60 Å / Num. all: 30102 / Num. obs: 29690 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 37.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1234 / % possible all: 84.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.2428 Å2 / ksol: 0.392037 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→60 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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