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- PDB-1rfx: Crystal Structure of resisitin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rfx
タイトルCrystal Structure of resisitin
要素Resistin
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / HORMONE / GLUCOSE UPTAKE / RESISTIN/FIZZ FAMILY / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of collagen metabolic process / positive regulation of progesterone secretion / negative regulation of feeding behavior / positive regulation of smooth muscle cell migration / fat cell differentiation / positive regulation of synaptic transmission / Neutrophil degranulation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / response to insulin / hormone activity ...positive regulation of collagen metabolic process / positive regulation of progesterone secretion / negative regulation of feeding behavior / positive regulation of smooth muscle cell migration / fat cell differentiation / positive regulation of synaptic transmission / Neutrophil degranulation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / response to insulin / hormone activity / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #200 / Resistin head domain / Resistin-like molecule hormone family / Resistin-like superfamily / Resistin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Resistin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Patel, S.D. / Rajala, M.W. / Scherer, P.E. / Shapiro, L. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: Disulfide-dependent multimeric assembly of resistin family hormones
著者: Patel, S.D. / Rajala, M.W. / Rossetti, L. / Scherer, P.E. / Shapiro, L.
履歴
登録2003年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Resistin
B: Resistin
C: Resistin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,60823
ポリマ－30,5483
非ポリマー1,06020
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8100 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area14470 Å2
手法PISA
2
A: Resistin
B: Resistin
C: Resistin
ヘテロ分子

A: Resistin
B: Resistin
C: Resistin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,21646
ポリマ－61,0976
非ポリマー2,11940
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area18600 Å2
ΔGint-292 kcal/mol
Surface area26540 Å2
手法PISA
3
A: Resistin
ヘテロ分子

A: Resistin
ヘテロ分子

B: Resistin
C: Resistin
ヘテロ分子

B: Resistin
C: Resistin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,21646
ポリマ－61,0976
非ポリマー2,11940
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation5_545x+1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation8_555x+1/2,-y+1/2,-z1
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area13820 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area31320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.298, 174.670, 90.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-82-

TRP

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Resistin / Cysteine-rich secreted protein FIZZ3 / Adipose tissue-specific secretory factor / ADSF / Adipose- ...Cysteine-rich secreted protein FIZZ3 / Adipose tissue-specific secretory factor / ADSF / Adipose-specific cysteine-rich secreted protein A12-alpha


分子量: 10182.790 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: RETN / プラスミド: pFM1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99P87

-
非ポリマー , 5種, 225分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 2
詳細: 0.1M Sodium acetate, 8% PEG 4000, 0.1M Potassium Chloride, pH 2., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.54975 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 24119 / Num. obs: 24119 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 25.2 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 9.6 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC5.1精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.002→14.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 6.109 / SU ML: 0.089 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21597 1128 4.8 %RANDOM
Rwork0.17724 ---
all0.17915 22280 --
obs0.17915 22280 97.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.002→14.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1968 0 56 205 2229
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0212104
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021883
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.231.9482850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.21434416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9525264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.7072574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.52415360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.908159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02377
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2384
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.21821
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21234
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3790.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2940.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7921.51439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1571.5546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3122189
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7923829
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5524.5661
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.002→2.053 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.236 76
Rwork0.168 1571
obs-1571
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.452-0.1021-0.1711.41110.16832.6040.0523-0.32750.53790.2021-0.06410.0224-0.1458-0.06260.01180.1594-0.0131-0.00290.1809-0.06690.0617-14.98749.53511.45
22.50890.43910.06383.1166-1.07381.25690.10540.1080.2124-0.0531-0.07770.028-0.02940.0298-0.02770.1606-0.00850.01430.1606-0.0239-0.0059-2.68949.749-1.618
32.94611.4653-0.54953.38970.58462.13260.1391-0.20090.12770.2428-0.10180.0417-0.0807-0.0097-0.03730.18640.0016-0.01130.176-0.0264-0.01931.65651.32413.042
41.0676-1.29980.145615.1618-1.70281.3874-0.13290.0353-0.3206-0.18850.0972-0.91470.18820.0160.03560.19390.0205-0.03120.1023-0.04010.2660.9713.6351.958
51.25935.18891.205921.53794.54122.32270.1456-0.1716-0.20330.9618-0.46320.7360.4543-0.02630.31760.2407-0.01870.08140.06910.01470.3164-4.9711.348.208
60.66-3.6006-1.884225.02111.06547.6661-0.031-0.1908-0.3148-0.5869-0.34060.9487-0.0193-0.11430.37170.1328-0.0143-0.05450.0623-0.01220.2728-7.47214.341.229
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA31 - 9431 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2BB31 - 9431 - 94
3X-RAY DIFFRACTION3CC31 - 9431 - 94
4X-RAY DIFFRACTION4AA6 - 306 - 30
5X-RAY DIFFRACTION5BB6 - 306 - 30
6X-RAY DIFFRACTION6CC6 - 306 - 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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