+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rfi | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase complexed with vanadate, pentapeptide KLNYK, and tetranucleotide AGTC | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | HYDROLASE/DNA / Protein-DNA complex / vanadate complex / transition state mimic. / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair ...3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Davies, D.R. / Interthal, H. / Champoux, J.J. / Hol, W.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Explorations of peptide and oligonucleotide binding sites of tyrosyl-DNA phosphodiesterase using vanadate complexes. 著者: Davies, D.R. / Interthal, H. / Champoux, J.J. / Hol, W.G. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of a transition state mimic for Tdp1 assembled from vanadate, DNA, and a topoisomerase I-derived peptide 著者: Davies, D.R. / Interthal, H. / Champoux, J.J. / Hol, W.G.J. #2: ![]() タイトル: Insights into substrate binding and catalytic mechanism of human Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase (Tdp1) from vanadate and tungstate-inhibited structures 著者: Davies, D.R. / Interthal, H. / Champoux, J.J. / Hol, W.G.J. #3: ![]() タイトル: The crystal structure of human Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase, Tdp1 著者: Davies, D.R. / Interthal, H. / Champoux, J.J. / Hol, W.G.J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 150.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-DNA鎖 / タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 3種, 6分子 DFABCE
#1: DNA鎖 | 分子量: 1190.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質 | 分子量: 54731.195 Da / 分子数: 2 / Fragment: Residues 149-608 / Mutation: D322N, M328T, F548L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 666.809 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 720-724 / Mutation: L724K / 由来タイプ: 合成 詳細: THE Peptide WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THE Peptide IS NATURALLY FOUND IN "Homo sapiens" (Human). |
---|
-非ポリマー , 3種, 246分子 ![](data/chem/img/VO4.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SPM / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.83 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: PEG 3000, NaCl, HEPES, spermine, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8.2 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 53356 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.26 % / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 12.99 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Rsym value: 0.527 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.125 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.527 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.412 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.227 / Rfactor Rwork: 0.188 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|