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- PDB-1rf5: Structural Studies of Streptococcus pneumoniae EPSP Synthase in U... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rf5
タイトルStructural Studies of Streptococcus pneumoniae EPSP Synthase in Unliganded State
要素5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / shikimate pathway / EPSP synthase / S3P / Glyphosate / PEP / S. pneumoniae
機能・相同性
機能・相同性情報


3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EPSP synthase signature 1. / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, conserved site / EPSP synthase signature 2. / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) ...EPSP synthase signature 1. / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, conserved site / EPSP synthase signature 2. / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Park, H. / Hilsenbeck, J.L. / Kim, H.J. / Shuttleworth, W.A. / Park, Y.H. / Evans, J.N. / Kang, C.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2004
タイトル: Structural studies of Streptococcus pneumoniae EPSP synthase in unliganded state, tetrahedral intermediate-bound state and S3P-GLP-bound state.
著者: Park, H. / Hilsenbeck, J.L. / Kim, H.J. / Shuttleworth, W.A. / Park, Y.H. / Evans, J.N. / Kang, C.
履歴
登録2003年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase
B: 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase
C: 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase
D: 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,5154
ポリマ－183,5154
非ポリマー00
水13,818767
1
A: 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8791
ポリマ－45,8791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8791
ポリマ－45,8791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8791
ポリマ－45,8791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8791
ポリマ－45,8791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.592, 116.482, 176.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質
5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase


分子量: 45878.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: aroA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9S400, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 767 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, NaCl, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
160 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH7.5
3100 mM1dropKCl
41.6 Mammonium sulfate1reservoir
50.1 M1reservoirNaCl
60.1 MHEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.992, 0.980, 0.9183
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月5日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9921
20.981
30.91831
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 102641 / Num. obs: 102641 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / % possible all: 96.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 982621 / Rmerge(I) obs: 0.036
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.5 % / Rmerge(I) obs: 0.128

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The peptide bond distance between GLU 340 and THR 341 of chains A and C, and between GLU 334 and GLU 335 of chain C, are slightly longer than typical peptide bond distance. Residues 335-340 ...詳細: The peptide bond distance between GLU 340 and THR 341 of chains A and C, and between GLU 334 and GLU 335 of chain C, are slightly longer than typical peptide bond distance. Residues 335-340 were set to 0 occupancy and was not included in refinement.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.277 5011 Random 5%
Rwork0.218 --
all0.232 98347 -
obs0.2209 95252 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12848 0 0 767 13615
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.19
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.047
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 95252 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.254
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 2.49
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.272 / Rfactor Rwork: 0.219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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