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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rf4 | ||||||
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タイトル | Structural Studies of Streptococcus pneumoniae EPSP Synthase, Tetrahedral intermediate Bound State | ||||||
![]() | 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / shikimate pathway / EPSP synthase / S3P / Glyphosate / PEP / S. pneumoniae | ||||||
機能・相同性 | ![]() shikimate kinase activity / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Park, H. / Hilsenbeck, J.L. / Kim, H.J. / Shuttleworth, W.A. / Park, Y.H. / Evans, J.N. / Kang, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural studies of Streptococcus pneumoniae EPSP synthase in unliganded state, tetrahedral intermediate-bound state and S3P-GLP-bound state. 著者: Park, H. / Hilsenbeck, J.L. / Kim, H.J. / Shuttleworth, W.A. / Park, Y.H. / Evans, J.N. / Kang, C. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN SPQ IS THE FLUORINATED TETRAHEDRAL INTERMEDIATE. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 340 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 275.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45878.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: aroA / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9S400, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-SPQ / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.44 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG, EG, NaCl, Na/K phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月5日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 103059 / Num. obs: 103059 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / % possible all: 91 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 822394 / Rmerge(I) obs: 0.041 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91 % / Rmerge(I) obs: 0.18 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.279 / Rfactor Rwork: 0.187 |