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万見
- PDB-1rew: Structural refinement of the complex of bone morphogenetic protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rew
タイトルStructural refinement of the complex of bone morphogenetic protein 2 and its type IA receptor
要素
  • bone morphogenetic protein 2
  • bone morphogenetic protein receptor type IA
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR/SIGNALING PROTEIN / TGF-beta fold / BRIA-fold / 3-finger toxin fold / HORMONE-GROWTH FACTOR-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


neural plate mediolateral regionalization / paraxial mesoderm structural organization / positive regulation of cardiac ventricle development / fibrous ring of heart morphogenesis / positive regulation of transforming growth factor beta2 production / cardiac atrium formation / cardiocyte differentiation / negative regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / Mullerian duct regression / positive regulation of phosphatase activity ...neural plate mediolateral regionalization / paraxial mesoderm structural organization / positive regulation of cardiac ventricle development / fibrous ring of heart morphogenesis / positive regulation of transforming growth factor beta2 production / cardiac atrium formation / cardiocyte differentiation / negative regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / Mullerian duct regression / positive regulation of phosphatase activity / heart formation / cardiac jelly development / atrioventricular node cell development / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of aldosterone biosynthetic process / negative regulation of cortisol biosynthetic process / atrioventricular canal morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in ureteric bud development / negative regulation of steroid biosynthetic process / embryonic heart tube anterior/posterior pattern specification / mesendoderm development / enzyme activator complex / dorsal aorta morphogenesis / regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / tricuspid valve morphogenesis / endodermal-mesodermal cell signaling / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / corticotropin hormone secreting cell differentiation / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / cardiac right ventricle morphogenesis / mesenchyme development / atrioventricular valve development / ameloblast differentiation / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / aortic valve development / pericardium development / telencephalon regionalization / BMP binding / hindlimb morphogenesis / negative regulation of muscle cell differentiation / regulation of cardiac muscle cell proliferation / pharyngeal arch artery morphogenesis / heart induction / positive regulation of cartilage development / positive regulation of odontogenesis / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / lateral mesoderm development / pituitary gland development / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / mitral valve morphogenesis / BMP receptor complex / negative regulation of smooth muscle cell migration / BMP receptor activity / regulation of cellular senescence / ventricular compact myocardium morphogenesis / proteoglycan metabolic process / dorsal/ventral axis specification / co-receptor binding / neural crest cell development / lung vasculature development / cardiac epithelial to mesenchymal transition / mesenchymal cell differentiation / BMP receptor binding / transforming growth factor beta receptor activity, type I / ectoderm development / telencephalon development / cardiac conduction system development / positive regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / endocardial cushion formation / Transcriptional regulation by RUNX2 / phosphatase activator activity / positive regulation of astrocyte differentiation / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / cardiac muscle cell differentiation / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / outflow tract septum morphogenesis / astrocyte differentiation / cardiac muscle tissue morphogenesis / positive regulation of ossification / dorsal/ventral pattern formation / positive regulation of p38MAPK cascade / central nervous system neuron differentiation / atrioventricular valve morphogenesis / positive regulation of dendrite development / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / endocardial cushion morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / embryonic digit morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of osteoblast proliferation / ventricular septum morphogenesis / negative regulation of fat cell differentiation / bone mineralization / SMAD binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / inner ear development
類似検索 - 分子機能
: / GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Transforming growth factor beta, conserved site ...: / GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / CD59 / CD59 / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Cystine-knot cytokine / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone morphogenetic protein 2 / Bone morphogenetic protein receptor type-1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.863 Å
データ登録者Keller, S. / Nickel, J. / Zhang, J.-L. / Sebald, W. / Mueller, T.D.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Molecular recognition of BMP-2 and BMP receptor IA.
著者: Keller, S. / Nickel, J. / Zhang, J.L. / Sebald, W. / Mueller, T.D.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the BMP-2-BRIA ectodomain complex
著者: Kirsch, T. / Sebald, W. / Dreyer, M.K.
履歴
登録2003年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: bone morphogenetic protein 2
B: bone morphogenetic protein 2
C: bone morphogenetic protein receptor type IA
D: bone morphogenetic protein receptor type IA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1974
ポリマ－55,1974
非ポリマー00
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7120 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.493, 107.493, 102.282
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP65
詳細The assymmetric unit contains the biological active BMP-2 dimer and two BRIA monomers

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要素

#1: タンパク質 bone morphogenetic protein 2


分子量: 12923.854 Da / 分子数: 2 / 断片: mature part / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pN25c109 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12643
#2: タンパク質 bone morphogenetic protein receptor type IA / E.C.2.7.1.37 / Serine/threonine-protein kinase receptor R5 / SKR5 / Activin receptor-like kinase 3 / ALK-3 / ...Serine/threonine-protein kinase receptor R5 / SKR5 / Activin receptor-like kinase 3 / ALK-3 / activin A receptor / type II-like kinase 3


分子量: 14674.451 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET32b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36894, EC: 2.7.1.37
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: sodium acetate, imidazole, glucose, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月16日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→19.73 Å / Num. all: 54306 / Num. obs: 54306 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.083
反射 シェル解像度: 1.86→1.91 Å / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1精密化
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ES7

1es7


解像度: 1.863→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.973 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.2 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: REFMAC5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22943 2683 5 %RANDOM
Rwork0.20738 ---
obs0.2085 51294 96.46 %-
all-54306 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.109 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.863→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2956 0 0 185 3141
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0213047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4421.9564157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1145377
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022342
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.31271
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.5325
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.321
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1090.59
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7321.51911
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35523103
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.15231136
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4614.51054
LS精密化 シェル解像度: 1.863→1.911 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 153 -
Rwork0.366 3336 -
obs-7758 94.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77890.5044-0.3971.523-1.02749.3436-0.0820.2262-0.0317-0.30780.1129-0.0469-0.35840.0861-0.03090.1202-0.080.0160.11390.02830.0605-2867.23721.409
21.45070.1942-1.04970.410.069111.40030.0283-0.2003-0.0150.11750.0236-0.07610.0177-0.2629-0.0520.0524-0.05370.01140.08390.02340.0603-34.98861.42236.278
32.54231.8973-0.79879.7355-4.24045.53120.1507-0.265-0.20080.5267-0.5383-1.0099-0.45950.78070.38760.148-0.1531-0.09280.25570.08990.1204-16.88772.58145.931
47.628-2.1657-3.74133.03931.66436.7163-0.21940.41-0.61340.0940.01120.190.7256-0.57830.20820.1649-0.13270.04810.1639-0.08420.0502-41.95551.52912.367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA12 - 11412 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2BB12 - 11412 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3CC32 - 11738 - 123
4X-RAY DIFFRACTION4DD32 - 12038 - 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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