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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rep | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF REPLICATION INITIATOR PROTEIN REPE54 OF MINI-F PLASMID COMPLEXED WITH AN ITERON DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | REPLICATION/DNA / REPLICATION INITIATOR / DNA-BINDING / REPLICATION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasmid maintenance / DNA replication initiation / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Komori, H. / Matsunaga, F. / Higuchi, Y. / Ishiai, M. / Wada, C. / Miki, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of a prokaryotic replication initiator protein bound to DNA at 2.6 A resolution. 著者: Komori, H. / Matsunaga, F. / Higuchi, Y. / Ishiai, M. / Wada, C. / Miki, K. #1: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1999 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of a replication initiator protein (RepE54) of the mini-F plasmid complexed with iteron DNA 著者: Komori, H. / Sasai, N. / Matsunaga, F. / Wada, C. / Miki, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rep.cif.gz | 82.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rep.ent.gz | 58 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rep.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/1rep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/1rep | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6687.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 6807.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 29343.527 Da / 分子数: 1 / Mutation: R118P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 解説: HIS-TAGGED PROTEIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03856 |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 12 % PEG 400, 200 MM MGCL2, 100 MM TRIS-HCL, PH8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 60.6 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: Komori, H., (1999) J.Biochem.(Tokyo), 125, 24. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→35 Å / Num. obs: 15208 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 34.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 65 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 57565 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→6 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.213 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 30.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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