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- PDB-1ref: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE II COMPLEX WITH 2,3-EPOXYPROPYL-BETA-D-XYLOSIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ref
タイトルENDO-1,4-BETA-XYLANASE II COMPLEX WITH 2,3-EPOXYPROPYL-BETA-D-XYLOSIDE
要素ENDO-1,4-BETA-XYLANASE II
キーワードHYDROLASE / XYLANASE / XYLAN DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 ...Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / (2R)-oxiran-2-ylmethyl beta-D-xylopyranoside / Endo-1,4-beta-xylanase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Hypocrea jecorina (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Rouvinen, J. / Havukainen, R. / Torronen, A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Covalent binding of three epoxyalkyl xylosides to the active site of endo-1,4-xylanase II from Trichoderma reesei.
著者: Havukainen, R. / Torronen, A. / Laitinen, T. / Rouvinen, J.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994
タイトル: Three-Dimensional Structure of Endo-1,4-Beta-Xylanase II from Trichoderma Reesei: Two Conformational States in the Active Site
著者: Torronen, A. / Harkki, A. / Rouvinen, J.
履歴
登録1995年12月21日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status ...entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.process_site ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE II
B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0054
ポリマ－41,6772
非ポリマー3282
水4,504250
1
A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8381
ポリマ－20,8381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1673
ポリマ－20,8381
非ポリマー3282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.340, 60.880, 37.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9874, -0.007, 0.158), (-0.0066, -1, -0.003), (0.158, 0.0019, -0.9874)
ベクター: 40.0213, 57.4837, 12.6331)

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要素

#1: タンパク質 ENDO-1,4-BETA-XYLANASE II / XYNII


分子量: 20838.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hypocrea jecorina (菌類) / 株: TRICHODERMA REESEI RUT-C30 / 参照: UniProt: P36217, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#3: 糖 ChemComp-C3X / (2R)-oxiran-2-ylmethyl beta-D-xylopyranoside / 2,3-EPOXYPROPYL-BETA-D-XYLOSIDE / (2R)-oxiran-2-ylmethyl beta-D-xyloside / (2R)-oxiran-2-ylmethyl D-xyloside / (2R)-oxiran-2-ylmethyl xyloside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 206.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化
*PLUS
pH: 4.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Torronen, A., (1993) J. Mol. Biol., 233, 313.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium acetate1drop
325 %ammonium sulfate1drop
425 %ammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月2日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 30167 / % possible obs: 85.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.086
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. measured all: 82450 / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.9 Å / % possible obs: 60.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
R-AXISデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rfree0.229 -
Rwork0.181 -
obs0.181 26750
原子変位パラメータBiso mean: 22.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2960 0 25 250 3235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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