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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rdd | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI RNASE HI IN COMPLEX WITH MG2+ AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION: PROOF FOR A SINGLE MG2+ SITE | ||||||
要素 | RIBONUCLEASE H | ||||||
キーワード | HYDROLASE(ENDORIBONUCLEASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Katayanagi, K. / Morikawa, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1993 タイトル: Crystal structure of Escherichia coli RNase HI in complex with Mg2+ at 2.8 A resolution: proof for a single Mg(2+)-binding site. 著者: Katayanagi, K. / Okumura, M. / Morikawa, K. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Structural Details of Ribonuclease H from Escherichia Coli as Refined to an Atomic Resolution 著者: Katayanagi, K. / Miyagawa, M. / Matsushima, M. / Ishikawa, M. / Kanaya, S. / Nakamura, H. / Ikehara, M. / Matsuzaki, T. / Morikawa, K. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1990 タイトル: Three-Dimensional Structure of Ribonuclease H from E. Coli 著者: Katayanagi, K. / Miyagawa, M. / Matsushima, M. / Ishikawa, M. / Kanaya, S. / Ikehara, M. / Matsuzaki, T. / Morikawa, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rdd.cif.gz | 43.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rdd.ent.gz | 30.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rdd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rdd_validation.pdf.gz | 411.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1rdd_full_validation.pdf.gz | 427.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1rdd_validation.xml.gz | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rdd_validation.cif.gz | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/1rdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/1rdd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE 17 IS A CIS PROLINE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17622.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Y4, ribonuclease H |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 8.9 / PH range high: 8.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 3953 / % possible obs: 90.1 % / Num. measured all: 15785 / Rmerge(I) obs: 0.095 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.19 / 最高解像度: 2.8 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Rfactor obs: 0.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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