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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rct | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Human purine nucleoside phosphorylase complexed with INOSINE | ||||||
![]() | Purine nucleoside phosphorylase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / purine nucleoside phosphorylase / drug design / Synchrotron | ||||||
機能・相同性 | ![]() nicotinamide riboside catabolic process / Defective PNP disrupts phosphorolysis of (deoxy)guanosine and (deoxy)inosine / purine-containing compound salvage / deoxyinosine catabolic process / purine nucleobase binding / nucleotide biosynthetic process / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / inosine catabolic process / urate biosynthetic process ...nicotinamide riboside catabolic process / Defective PNP disrupts phosphorolysis of (deoxy)guanosine and (deoxy)inosine / purine-containing compound salvage / deoxyinosine catabolic process / purine nucleobase binding / nucleotide biosynthetic process / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / inosine catabolic process / urate biosynthetic process / IMP catabolic process / Ribavirin ADME / guanosine phosphorylase activity / nucleoside binding / Purine salvage / Purine catabolism / allantoin metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine ribonucleoside salvage / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / nucleobase-containing compound metabolic process / phosphate ion binding / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / immune response / response to xenobiotic stimulus / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Canduri, F. / dos Santos, D.M. / Silva, R.G. / Mendes, M.A. / Palma, M.S. / de Azevedo Jr., W.F. / Basso, L.A. / Santos, D.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of human purine nucleoside phosphorylase complexed with inosine and ddI 著者: Canduri, F. / dos Santos, D.M. / Silva, R.G. / Mendes, M.A. / Basso, L.A. / Palma, M.S. / de Azevedo Jr., W.F. / Santos, D.S. #1: ![]() タイトル: Application of crystallographic and modeling methods in the design of purine nucleoside phosphorylase inhibitors 著者: Ealick, S.E. / Babu, Y.S. / Bugg, C.E. / Erion, M.D. / Guida, W.C. / Montgomery, J.A. / Secrist III, J.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 792.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 806.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32053.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NOS / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.825 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.3 / 詳細: pH 5.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 7.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 104 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月19日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.8→56.79 Å / Num. all: 109144 / Num. obs: 15363 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.072 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.216 / % possible all: 95.7 | |||||||||
反射 | *PLUS 冗長度: 5.5 % | |||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.7 % / Rmerge(I) obs: 0.268 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1PWY 解像度: 2.8→8 Å / Data cutoff high absF: 2 / Data cutoff low absF: 2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 43.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 8 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.29 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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