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- PDB-1r9m: Crystal Structure of Human Dipeptidyl Peptidase IV at 2.1 Ang. Re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r9m
タイトルCrystal Structure of Human Dipeptidyl Peptidase IV at 2.1 Ang. Resolution.
要素Dipeptidyl peptidase IV
キーワードHYDROLASE / aminopeptidase / serine protease / glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon processing / negative regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / negative regulation of extracellular matrix disassembly / dipeptidyl-peptidase IV / chemorepellent activity / psychomotor behavior / intercellular canaliculus / dipeptidyl-peptidase activity ...glucagon processing / negative regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / negative regulation of extracellular matrix disassembly / dipeptidyl-peptidase IV / chemorepellent activity / psychomotor behavior / intercellular canaliculus / dipeptidyl-peptidase activity / peptide hormone processing / locomotory exploration behavior / lamellipodium membrane / endocytic vesicle / aminopeptidase activity / endothelial cell migration / behavioral fear response / T cell costimulation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / serine-type peptidase activity / T cell activation / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / lamellipodium / virus receptor activity / protease binding / membrane fusion / response to hypoxia / receptor-mediated virion attachment to host cell / cell adhesion / apical plasma membrane / membrane raft / signaling receptor binding / lysosomal membrane / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / symbiont entry into host cell / cell surface / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Prolyl endopeptidase family serine active site. / : / Peptidase S9, serine active site / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family ...Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Prolyl endopeptidase family serine active site. / : / Peptidase S9, serine active site / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / Dipeptidyl peptidase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Aertgeerts, K. / Ye, S. / Tennant, M.G. / Collins, B. / Rogers, J. / Sang, B.C. / Skene, R.J. / Webb, D.R. / Prasad, G.S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of human dipeptidyl peptidase IV in complex with a decapeptide reveals details on substrate specificity and tetrahedral intermediate formation.
著者: Aertgeerts, K. / Ye, S. / Tennant, M.G. / Kraus, M.L. / Rogers, J. / Sang, B.C. / Skene, R.J. / Webb, D.R. / Prasad, G.S.
履歴
登録2003年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_chiral.details / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl peptidase IV
B: Dipeptidyl peptidase IV
C: Dipeptidyl peptidase IV
D: Dipeptidyl peptidase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)349,30534
ポリマ－340,6134
非ポリマー8,69130
水30,2291678
1
A: Dipeptidyl peptidase IV
B: Dipeptidyl peptidase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,39119
ポリマ－170,3072
非ポリマー5,08517
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10620 Å2
ΔGint59 kcal/mol
Surface area60620 Å2
手法PISA
2
C: Dipeptidyl peptidase IV
D: Dipeptidyl peptidase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,91315
ポリマ－170,3072
非ポリマー3,60613
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint38 kcal/mol
Surface area59710 Å2
手法PISA
3
A: Dipeptidyl peptidase IV
B: Dipeptidyl peptidase IV
ヘテロ分子

C: Dipeptidyl peptidase IV
D: Dipeptidyl peptidase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)349,30534
ポリマ－340,6134
非ポリマー8,69130
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area20000 Å2
ΔGint96 kcal/mol
Surface area119840 Å2
手法PISA
4
A: Dipeptidyl peptidase IV
B: Dipeptidyl peptidase IV
ヘテロ分子

C: Dipeptidyl peptidase IV
D: Dipeptidyl peptidase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)349,30534
ポリマ－340,6134
非ポリマー8,69130
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area19740 Å2
ΔGint96 kcal/mol
Surface area120090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.823, 124.056, 144.491
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 40 - 766 / Label seq-ID: 7 - 733

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 1682分子 ABCD

#1: タンパク質
Dipeptidyl peptidase IV / DPP IV / T-cell activation antigen CD26 / TP103 / Adenosine deaminase complexing protein-2 / ADABP


分子量: 85153.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP4, ADCP2, CD26 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P27487, dipeptidyl-peptidase IV
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 5種, 30分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1.01 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.01 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 218087 / Num. obs: 218087 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 76.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 5.549 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24883 4355 2 %RANDOM
Rwork0.21845 ---
obs0.21906 213577 100 %-
all-218087 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.914 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.79 Å20 Å2-1.35 Å2
2--1.73 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23872 0 561 1678 26111
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02125187
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4571.94834215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.24532910
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.986154156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.23719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.311804
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.52492
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2930.340
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3160.514
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5131.514514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.714223546
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.268310673
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5884.510669
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5946 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.430.05
2Btight positional0.390.05
3Ctight positional0.430.05
4Dtight positional0.40.05
1Atight thermal0.220.5
2Btight thermal0.210.5
3Ctight thermal0.190.5
4Dtight thermal0.210.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.326 203
Rwork0.276 11728
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.58080.2230.39650.79880.01191.0837-0.09110.10130.1825-0.11640.0540.09330.0074-0.06240.03720.0780.01240.00540.0025-0.00510.071723.2989-0.50366.5209
21.51440.03570.48230.8871-0.2831.4508-0.0737-0.38710.26240.2622-0.00920.2694-0.0336-0.32930.08290.20210.00780.09470.2474-0.08050.22123.0531-6.166529.493
31.34310.2144-0.04820.7286-0.10370.7982-0.07370.03640.3101-0.00620.0562-0.0897-0.13150.1110.01750.09480.0212-0.02280.053-0.04230.163254.543113.433713.1463
41.13390.1284-0.07710.8766-0.48611.0406-0.0925-0.0809-0.03570.01320.0608-0.27170.18160.20560.03160.17310.0807-0.05280.2261-0.0990.220976.2286-4.425627.1128
51.79430.4609-0.02761.31140.29830.97350.0938-0.133-0.32770.0539-0.11240.19360.2197-0.21280.01860.1686-0.0307-0.00310.1230.00080.1903-19.493747.089839.2473
61.43080.15120.10491.47410.46321.08820.0165-0.09330.05960.0362-0.14210.4031-0.1514-0.47880.12560.23220.06580.04830.4324-0.06340.2782-36.464769.64252.5143
71.99920.1193-0.32030.89160.20541.13570.05610.1264-0.2741-0.111-0.0318-0.05420.11410.1184-0.02430.12120.0505-0.0130.0343-0.03110.097510.483555.008223.3617
82.0657-0.228-0.57660.80120.58141.3310.0475-0.6599-0.10860.18490.0084-0.17880.10660.4932-0.05590.1923-0.0155-0.02570.47240.01320.178535.754762.074640.3431
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA40 - 557 - 22
2X-RAY DIFFRACTION1AA232 - 262199 - 229
3X-RAY DIFFRACTION1AA500 - 766467 - 733
4X-RAY DIFFRACTION1AK - L5201 - 68511
5X-RAY DIFFRACTION2AA56 - 23123 - 198
6X-RAY DIFFRACTION2AA263 - 499230 - 466
7X-RAY DIFFRACTION2AE - J851 - 32121 - 2
8X-RAY DIFFRACTION3BB34 - 551 - 22
9X-RAY DIFFRACTION3BB232 - 262199 - 229
10X-RAY DIFFRACTION3BB500 - 766467 - 733
11X-RAY DIFFRACTION3BT - U5201 - 68511
12X-RAY DIFFRACTION4BB56 - 23123 - 198
13X-RAY DIFFRACTION4BB263 - 499230 - 466
14X-RAY DIFFRACTION4BM - S851 - 32111 - 2
15X-RAY DIFFRACTION5CC40 - 557 - 22
16X-RAY DIFFRACTION5CC232 - 262199 - 229
17X-RAY DIFFRACTION5CC500 - 766467 - 733
18X-RAY DIFFRACTION5CAA52011
19X-RAY DIFFRACTION6CC56 - 23123 - 198
20X-RAY DIFFRACTION6CC263 - 499230 - 466
21X-RAY DIFFRACTION6CV - Z1501 - 32111
22X-RAY DIFFRACTION7DD40 - 557 - 22
23X-RAY DIFFRACTION7DD232 - 262199 - 229
24X-RAY DIFFRACTION7DD500 - 766467 - 733
25X-RAY DIFFRACTION7DGA - HA5201 - 68511
26X-RAY DIFFRACTION8DD56 - 23123 - 198
27X-RAY DIFFRACTION8DD263 - 499230 - 466
28X-RAY DIFFRACTION8DBA - FA1501 - 32111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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