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- PDB-1r8u: NMR structure of CBP TAZ1/CITED2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r8u
タイトルNMR structure of CBP TAZ1/CITED2 complex
要素
  • CREB-binding protein
  • Cbp/p300-interacting transactivator 2
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION ACTIVATOR / zinc-binding motifs / protein-protein complex / TAZ zinc finger / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION ACTIVATOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cranial nerve morphogenesis / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of other transcription factors / embryonic process involved in female pregnancy / left/right pattern formation / embryonic heart tube left/right pattern formation / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation ...cranial nerve morphogenesis / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of other transcription factors / embryonic process involved in female pregnancy / left/right pattern formation / embryonic heart tube left/right pattern formation / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / nodal signaling pathway / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / pulmonary artery morphogenesis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / cAMP response element binding protein binding / sex determination / embryonic camera-type eye morphogenesis / Notch-HLH transcription pathway / positive regulation of male gonad development / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / endocardial cushion development / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / lens morphogenesis in camera-type eye / left/right axis specification / positive regulation of cell-cell adhesion / germ-line stem cell population maintenance / negative regulation of viral process / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / granulocyte differentiation / Cytoprotection by HMOX1 / Estrogen-dependent gene expression / CD209 (DC-SIGN) signaling / trophectodermal cell differentiation / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / response to fluid shear stress / outer kinetochore / peripheral nervous system development / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / cardiac neural crest cell development involved in heart development / negative regulation of interferon-beta production / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / MRF binding / bone morphogenesis / determination of left/right symmetry / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / face morphogenesis / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / protein-lysine-acetyltransferase activity / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / ventricular septum morphogenesis / LBD domain binding / histone acetyltransferase binding / heart looping / SMAD binding / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / erythrocyte development / FOXO-mediated transcription of cell death genes / uterus development / outflow tract morphogenesis / decidualization / TFIIB-class transcription factor binding / skeletal muscle cell differentiation / histone acetyltransferase complex / response to mechanical stimulus / embryonic placenta development / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / vasculogenesis / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / spleen development / positive regulation of cell cycle / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of cell migration / molecular function activator activity / thymus development / central nervous system development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neural tube closure / liver development / protein destabilization / PML body / cellular response to virus / RNA polymerase II transcription regulator complex / response to estrogen / male gonad development / disordered domain specific binding / cellular response to UV
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2200 / CITED / CITED / CREB-binding Protein; Chain A / TAZ domain / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily ...Helix Hairpins - #2200 / CITED / CITED / CREB-binding Protein; Chain A / TAZ domain / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Helix Hairpins / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix non-globular / Special / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Histone lysine acetyltransferase CREBBP / Cbp/p300-interacting transactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / AMBER simulated annealing, minimization
データ登録者De Guzman, R.N. / Martinez-Yamout, M. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Interaction of the TAZ1 domain of the CREB-binding protein with the activation domain of CITED2: regulation by competition between intrinsically unstructured ligands for non-identical binding sites.
著者: De Guzman, R.N. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録2003年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cbp/p300-interacting transactivator 2
B: CREB-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3755
ポリマ－17,1792
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Cbp/p300-interacting transactivator 2 / MSG-related protein 1 / MRG1 protein / P35srj / CITED2


分子量: 5897.726 Da / 分子数: 1 / 断片: CITED2 CAD (residues 200-269) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CITED2, MRG1 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99967
#2: タンパク質 CREB-binding protein / CBP


分子量: 11281.177 Da / 分子数: 1 / 断片: CBP TAZ1 (residues 334-433) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 19547885, UniProt: P45481*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
2223D 15N-separated NOESY
3333D 13C-separated NOESY
4443D 13C-separated ROESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5mM N15 TAZ1, unlabeled CITED2, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5mM unlabeled TAZ1, N15 CITED2, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5mM C13,N15 TAZ1, unlabeled CITED2, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
40.5mM unlabeled TAZ1, CITED2, 90% H2O,10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
116 mM 6.81 atm298 K
216 mM 6.81 atm298 K
316 mM 6.81 atm298 K
416 mM 6.81 atm298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9002
Bruker DRXBrukerDRX6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2003DeLaglio, Bax解析
NMRDraw4.1.3.Bruce Johnsonデータ解析
DYANA1.5Peter Guntert et al.構造決定
Amber7David Case et al.精密化
精密化手法: AMBER simulated annealing, minimization / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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