PDB-1r88: The crystal structure of Mycobacterium tuberculosis MPT51 (FbpC1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r88

タイトル

The crystal structure of Mycobacterium tuberculosis MPT51 (FbpC1)

要素

MPT51/MPB51 antigen

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Mycobacterium tuberculosis / alfa/beta hydrolase fold / antigen 85 / MPT51 / FBPC1

機能・相同性

機能・相同性情報

mycolate cell wall layer assembly / zymogen binding / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / fibronectin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Wilson, R.A. / Maughan, W.N. / Kremer, L. / Besra, G.S. / Futterer, K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The structure of Mycobacterium tuberculosis MPT51 (FbpC1) defines a new family of non-catalytic alpha/beta hydrolases.
著者: Wilson, R.A. / Maughan, W.N. / Kremer, L. / Besra, G.S. / Futterer, K.

履歴

登録	2003年10月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年12月21日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年11月8日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r88.cif.gz	116.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r88.ent.gz	90.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r88.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1r88_validation.pdf.gz	367.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1r88_full_validation.pdf.gz	369.5 KB	表示
XML形式データ	1r88_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	1r88_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/1r88 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/1r88	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dqzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1w2u-d 1h9i-d 1pj8-d 2jem-2 2x1t-1 1s2n-2 6zev-d 2x1t-2 2icu-1 1olr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MPT51/MPB51 antigen

B: MPT51/MPB51 antigen

58.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MPT51/MPB51 antigen

登録者が定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MPT51/MPB51 antigen

登録者が定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.900, 108.900, 109.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 33 - 281 / Label seq-ID: 8 - 256

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

詳細

The biological assembly is a monomer, represented by either of the two molecules in the asymmetric unit

#1: タンパク質	MPT51/MPB51 antigen / fibronectin-binding protein C1 (FbpC1 / MPT51) 分子量: 29456.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: fbpC1 / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P0A4V6, UniProt: P9WQN7*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

MPT51/MPB51 antigen / fibronectin-binding protein C1 (FbpC1 / MPT51)

分子量: 29456.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: fbpC1 / プラスミド: pET23b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P0A4V6, UniProt: P9WQN7*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.5 %

結晶化

*PLUS

pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	8-10 %(w/v)	PEG8000	1	reservoir
2	8-10 %(v/v)	MPD	1	reservoir
3	2.5 %(v/v)	isopropanol	1	reservoir
4	200 mM	sodium acetate	1	reservoir	pH4.6
5	100 mM	sodium citrate	1	reservoir	pH5.0
6	70 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 78268 / Num. obs: 78268 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 18.5 Å² / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / R_sym value: 0.489 / % possible all: 99.9
反射	PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Num. measured all: 493963 / R_merge(I) obs*: 0.077
反射シェル	PLUS % possible obs: 99.9 % / R_merge(I) obs*: 0.489

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1dqz

1dqz

解像度: 1.71→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 2.164 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20533	3668	5 %	RANDOM
R_work	0.1887	-	-	-
obs	0.18954	69287	93.3 %	-
all	-	69287	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.208 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3936	0	0	400	4336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	4070
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3424
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.955	1.899	5562
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.753	3	7938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.347	5	532
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4798
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	882
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	851
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	4006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.291	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.185	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.193	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.173	1.5	2626
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.329	2	4116
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.61	3	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.919	4.5	1446

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3430 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
loose positional	0.06	5
loose thermal	0.21	10

LS精密化シェル

解像度: 1.706→1.798 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.254	472
R_work	0.243	8757

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8557	-0.3689	-0.2751	1.6357	0.0959	0.8622	-0.0359	-0.0233	-0.0655	0.012	0.0171	0.0011	0.0873	0.0316	0.0188	0.0023	0.0106	-0.0024	0.0485	-0.0056	0.0574	27.4889	32.2448	29.0048
2	0.7531	0.1958	0.3316	0.8626	0.0916	1.6703	-0.0335	0.0776	0.006	-0.0958	0.0304	0.0206	0.008	-0.016	0.0032	0.0109	-0.0083	-0.0074	0.051	-0.0104	0.063	47.0994	2.1454	60.0301

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	33 - 281	8 - 256
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	33 - 281	8 - 256

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.205 / R_factor R_work: 0.189

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	0.96

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 1.8 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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