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万見
- PDB-1r79: Solution Structure of The C1 Domain of The Human Diacylglycerol K... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r79
タイトルSolution Structure of The C1 Domain of The Human Diacylglycerol Kinase Delta
要素Diacylglycerol kinase, delta
キーワードTRANSFERASE / C1 Domain / Cystein-rich Zinc Binding Domain / Diacylglycerol Kinase Delta / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein kinase C signaling / lipid phosphorylation / diacylglycerol metabolic process / diacylglycerol kinase (ATP) / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis / phosphatidic acid biosynthetic process / diacylglycerol binding / Effects of PIP2 hydrolysis / : ...negative regulation of protein kinase C signaling / lipid phosphorylation / diacylglycerol metabolic process / diacylglycerol kinase (ATP) / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis / phosphatidic acid biosynthetic process / diacylglycerol binding / Effects of PIP2 hydrolysis / : / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / clathrin-coated pit / kinase binding / platelet activation / endocytosis / protein transport / cytoplasmic vesicle / intracellular signal transduction / protein heterodimerization activity / signal transduction / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Diacylglycerol kinase delta, SAM domain / : / : / Diacylglycerol kinase delta, helical domain / Diacylglycerol kinase / Diacylglycerol kinase, accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain (presumed) / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain ...Diacylglycerol kinase delta, SAM domain / : / : / Diacylglycerol kinase delta, helical domain / Diacylglycerol kinase / Diacylglycerol kinase, accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain (presumed) / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain / DAG-kinase catalytic (DAGKc) domain profile. / Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #20 / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / C1-like domain superfamily / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / PH domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Diacylglycerol kinase delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Miyamoto, K. / Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of The C1 Domain of The Human Diacylglycerol Kinase Delta
著者: Miyamoto, K. / Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.
履歴
登録2003年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diacylglycerol kinase, delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9573
ポリマ－8,8261
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Diacylglycerol kinase, delta / Diglyceride kinase / DGK-delta / DAG kinase delta / 130 kDa diacylglycerol kinase / Diacylglycerol ...Diglyceride kinase / DGK-delta / DAG kinase delta / 130 kDa diacylglycerol kinase / Diacylglycerol Kinase Delta(KIAA0145)


分子量: 8826.108 Da / 分子数: 1 / 断片: C1 Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: KAZUSA cDNA ha00914 / プラスミド: P030128-49 / 参照: UniProt: Q16760, diacylglycerol kinase (ATP)
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.05mM C1 Domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.5); 100mM NaCl; 0.02% NaN3; 100uM ZnCl2; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 120mM / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
NMRPipe20020425Delaglio, F.解析
NMRView5.0.4Johnson, B.A.データ解析
KUJIRA0.863Kobayashi, N.データ解析
CYANA2.0.17Guentert, P構造決定
CYANA2.0.17Guentert, P精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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