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- PDB-1r71: Crystal Structure of the DNA binding domain of KorB in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r71
タイトルCrystal Structure of the DNA binding domain of KorB in complex with the operator DNA
要素
  • 5'-D(*AP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*(BRU))-3'
  • Transcriptional repressor protein korB
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / IncP / plasmid partitioning / protein-DNA complex / heilx-turn-helix motif / transcription factor / ParB homologue / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome segregation / chromosome / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
KorB DNA-binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #140 / KorB, C-terminal / Repressor KorB domain / KorB, C-terminal domain superfamily / KorB DNA-binding domain / KorB C-terminal beta-barrel domain / KorB domain / : / ParB/RepB/Spo0J partition protein ...KorB DNA-binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #140 / KorB, C-terminal / Repressor KorB domain / KorB, C-terminal domain superfamily / KorB DNA-binding domain / KorB C-terminal beta-barrel domain / KorB domain / : / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB N-terminal domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily / Transcriptional repressor, C-terminal / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional repressor protein KorB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Khare, D. / Ziegelin, G. / Lanka, E. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Sequence-specific DNA binding determined by contacts outside the helix-turn-helix motif of the ParB homolog KorB.
著者: Khare, D. / Ziegelin, G. / Lanka, E. / Heinemann, U.
履歴
登録2003年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-D(*AP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
I: 5'-D(*CP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*(BRU))-3'
F: 5'-D(*CP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*(BRU))-3'
J: 5'-D(*AP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
G: 5'-D(*AP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
L: 5'-D(*CP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*(BRU))-3'
H: 5'-D(*CP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*(BRU))-3'
K: 5'-D(*AP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
A: Transcriptional repressor protein korB
B: Transcriptional repressor protein korB
C: Transcriptional repressor protein korB
D: Transcriptional repressor protein korB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,22512
ポリマ－122,22512
非ポリマー00
水6,251347
1
E: 5'-D(*AP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
I: 5'-D(*CP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*(BRU))-3'
F: 5'-D(*CP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*(BRU))-3'
J: 5'-D(*AP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
A: Transcriptional repressor protein korB
B: Transcriptional repressor protein korB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1136
ポリマ－61,1136
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: 5'-D(*AP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
L: 5'-D(*CP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*(BRU))-3'
H: 5'-D(*CP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*(BRU))-3'
K: 5'-D(*AP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
C: Transcriptional repressor protein korB
D: Transcriptional repressor protein korB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1136
ポリマ－61,1136
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.440, 110.440, 160.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The biological assembly comprises of two protein molecules (chain A and B) bound to a DNA duplex (chain E and F)

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*AP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*G)-3'


分子量: 5315.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖
5'-D(*CP*(BRU)P*TP*TP*TP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*(BRU))-3'


分子量: 5291.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質
Transcriptional repressor protein korB


分子量: 19949.949 Da / 分子数: 4 / Fragment: Operator Binding Domain (residues 117-294) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: KORB / プラスミド: pMS51-12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SCS1, supE44, relA1 / 参照: UniProt: P07674
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 25% MPD, 0.4M ammonium dihydrogen phosphate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2ammonium dihydrogen phosphate11
3H2O11
4MPD12
5H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.92022, 0.92039, 0.89844
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年1月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.920221
20.920391
30.898441
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 57947 / Num. obs: 57669 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 14.91
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 5.591 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The DNA in the co-crystal has dual occupancy in the two complexes. There are certain water molecules showing close contact to one of the ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The DNA in the co-crystal has dual occupancy in the two complexes. There are certain water molecules showing close contact to one of the strand. These water molecules form hydrogen bonds to the other overlaying stand and therefore are kept at occupancy 0.5.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25028 2911 5 %RANDOM
Rwork0.19481 ---
obs0.19759 54758 99.51 %-
all-57947 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.497 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.47 Å2-0.73 Å20 Å2
2---1.47 Å20 Å2
3---2.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3658 2764 0 347 6769
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0216799
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0122.4729760
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.949311440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8035453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2989
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.025559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02761
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.21074
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2440.24593
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.22327
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2610.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1980.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0530.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.822273
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2533688
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7314.54526
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.97466072
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.278 Å / Total num. of bins used: 15 /
Rfactor反射数
Rfree0.312 272
Rwork0.253 5118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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