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- PDB-1r6f: The structure of Yersinia pestis V-antigen, an essential virulenc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r6f
タイトルThe structure of Yersinia pestis V-antigen, an essential virulence factor and mediator of immunity against plague
要素Virulence-associated V antigen
キーワードPROTEIN BINDING / coiled-coil
機能・相同性Low calcium response V antigen / Virulence-associated V antigen superfamily / V antigen (LcrV) protein / : / extracellular region / Virulence-associated V antigen / Virulence-associated V antigen
機能・相同性情報
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Derewenda, U. / Mateja, A. / Devedjiev, Y. / Routzahn, K.M. / Evdokimov, A.G. / Derewenda, Z.S. / Waugh, D.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: The structure of Yersinia pestis V-antigen, an essential virulence factor and mediator of immunity against plague
著者: Derewenda, U. / Mateja, A. / Devedjiev, Y. / Routzahn, K.M. / Evdokimov, A.G. / Derewenda, Z.S. / Waugh, D.S.
履歴
登録2003年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Virulence-associated V antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1591
ポリマ－35,1591
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.881, 45.086, 46.915
Angle α, β, γ (deg.)76.20, 78.42, 77.17
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Virulence-associated V antigen / Low calcium response locus protein V


分子量: 35158.555 Da / 分子数: 1 / 断片: Lcrv fragment 24-323 / 変異: K40A D41A K42A C273S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / プラスミド: MBP-LCRV(DELTA1-23-C273S)-HIS6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P21206, UniProt: P0C7U7*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.07 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: PEG 5000 MME, sodium acetate, Tris, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
126 %(w/v)PEG5000 MME1reservoir
2200 mMsodium acetate1reservoir
3100 mMTris-HCl1reservoirpH8.7
430 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X9A10.9795, 0.9790, 0.9719
シンクロトロンNSLS X9B20.9715
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2002年1月15日
ADSC QUANTUM 42CCD2002年1月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.9791
30.97191
40.97151
反射解像度: 2.17→18.5 Å / Num. all: 14116 / Num. obs: 14116 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.17→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 86.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 31607
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.2 % / Rmerge(I) obs: 0.37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.17→18.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / ESU R: 0.398
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1383 -Random
Rwork0.217 ---
all0.224 14116 --
obs0.224 14116 96.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.251 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.29 Å22.2 Å2-1.8 Å2
2---0.4 Å2-2.91 Å2
3---3.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→18.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2139 0 0 0 2139
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0212163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8771.9652909
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2375268
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3070.21355
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2630.2260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2470.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.220.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6291.51345
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08822165
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1243818
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0684.5744
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.207 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rwork0.343 792
Rfree-0
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.877

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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