+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r5x | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | JAMM: A Metalloprotease-like Zinc Site in the Proteasome and Signalosome | ||||||
要素 | AfJAMM | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / JAMM / proteasome / signalosome / Jab1 / Mpn / mov34 / csn5 / rpn11 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Ambroggio, X.I. / Rees, D.C. / Deshaies, R.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2004 タイトル: JAMM: a metalloprotease-like zinc site in the proteasome and signalosome. 著者: Ambroggio, X.I. / Rees, D.C. / Deshaies, R.J. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 300 | BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ... BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN, AND IS POSSIBLY ONE MONOMER. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1r5x.cif.gz | 57.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1r5x.ent.gz | 40.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1r5x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1r5x_validation.pdf.gz | 437.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1r5x_full_validation.pdf.gz | 442.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1r5x_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1r5x_validation.cif.gz | 14.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/1r5x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/1r5x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15042.134 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: AF2198 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O28085 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: ammonium di-hydrogen phosphate, sodium citrate, pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 |
| ||||||||||||||||||
検出器 |
| ||||||||||||||||||
放射 |
| ||||||||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→38 Å / Num. obs: 13506 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.6 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 4.7 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / % possible obs: 99.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.379 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 278220 / Rmerge(I) obs: 0.094 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.379 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→35.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1581999.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 78.9135 Å2 / ksol: 0.331583 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.7 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.19 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.304 / Rfactor Rwork: 0.261 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|