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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r5t | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of Cytidine Deaminase CDD1, an Orphan C to U editase from Yeast | ||||||
要素 | Cytidine deaminase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Zinc Dependent Deaminase / RNA editing (RNAエディティング) / APOBEC-1 related protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Pyrimidine salvage / cytidine catabolic process / deoxycytidine catabolic process / pyrimidine-containing compound salvage / cytidine deaminase / cytidine deamination / cytidine deaminase activity / Neutrophil degranulation / zinc ion binding / identical protein binding ...Pyrimidine salvage / cytidine catabolic process / deoxycytidine catabolic process / pyrimidine-containing compound salvage / cytidine deaminase / cytidine deamination / cytidine deaminase activity / Neutrophil degranulation / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Xie, K. / Sowden, M.P. / Dance, G.S.C. / Torelli, A.T. / Smith, H.C. / Wedekind, J.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2004 タイトル: The structure of a yeast RNA-editing deaminase provides insight into the fold and function of activation-induced deaminase and APOBEC-1. 著者: Xie, K. / Sowden, M.P. / Dance, G.S. / Torelli, A.T. / Smith, H.C. / Wedekind, J.E. #1: ジャーナル: Trends Genet. / 年: 2004 タイトル: Activation induced deaminase: the importance of being specific 著者: Smith, H.C. / Bottaro, A. / Sowden, M.P. / Wedekind, J.E. #2: ジャーナル: Trends Genet. / 年: 2003 タイトル: Messenger RNA editing in mammals: new members of the APOBEC family seeking roles in the family business 著者: Wedekind, J.E. / Dance, G.S. / Sowden, M.P. / Smith, H.C. #3: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2001 タイトル: Identification of the Yeast Cytidine Deaminase CDD1 as an Orphan C-to-U RNA Editase 著者: Dance, G.S. / Beemiller, P. / Yang, Y. / Mater, D.V. / Mian, I.S. / Smith, H.C. #4: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000 タイトル: APOBEC-1 Dependent Cytidine to Uridine Editing of Apolipoprotein B RNA in Yeast 著者: Dance, G.S. / Sowden, M.P. / Yang, Y. / Smith, H.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1r5t.cif.gz | 121.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1r5t.ent.gz | 95.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1r5t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/1r5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/1r5t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | CDD1 is a tetramer of identical subunits related by 222 symmetry. The asymmetric unit comprises 1 tetramer of chains A,B,C and D and includes four Zinc atoms. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15552.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: Cdd1p / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus(TM) / 参照: UniProt: Q06549, cytidine deaminase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.22 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 5000 MME, ammonium chloride, sodium succinate, DTT, sodium azide, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.2574, 1.2831, 1.2828 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月17日 / 詳細: Vertical Focusing Mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→29 Å / Num. all: 65372 / Num. obs: 63560 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 17.7 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 5597 / Rsym value: 0.313 / % possible all: 74.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→29.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 410906.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.9708 Å2 / ksol: 0.319008 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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