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- PDB-1r5t: The Crystal Structure of Cytidine Deaminase CDD1, an Orphan C to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r5t
タイトルThe Crystal Structure of Cytidine Deaminase CDD1, an Orphan C to U editase from Yeast
要素Cytidine deaminase
キーワードHYDROLASE / Zinc Dependent Deaminase / RNA editing / APOBEC-1 related protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrimidine salvage / cytidine catabolic process / deoxycytidine catabolic process / pyrimidine-containing compound salvage / cytidine deaminase / : / cytidine deaminase activity / Neutrophil degranulation / zinc ion binding / identical protein binding ...Pyrimidine salvage / cytidine catabolic process / deoxycytidine catabolic process / pyrimidine-containing compound salvage / cytidine deaminase / : / cytidine deaminase activity / Neutrophil degranulation / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytidine deaminase, homotetrameric / : / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like ...Cytidine deaminase, homotetrameric / : / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytidine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Xie, K. / Sowden, M.P. / Dance, G.S.C. / Torelli, A.T. / Smith, H.C. / Wedekind, J.E.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2004
タイトル: The structure of a yeast RNA-editing deaminase provides insight into the fold and function of activation-induced deaminase and APOBEC-1.
著者: Xie, K. / Sowden, M.P. / Dance, G.S. / Torelli, A.T. / Smith, H.C. / Wedekind, J.E.
#1: ジャーナル: Trends Genet. / 年: 2004
タイトル: Activation induced deaminase: the importance of being specific
著者: Smith, H.C. / Bottaro, A. / Sowden, M.P. / Wedekind, J.E.
#2: ジャーナル: Trends Genet. / 年: 2003
タイトル: Messenger RNA editing in mammals: new members of the APOBEC family seeking roles in the family business
著者: Wedekind, J.E. / Dance, G.S. / Sowden, M.P. / Smith, H.C.
#3: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2001
タイトル: Identification of the Yeast Cytidine Deaminase CDD1 as an Orphan C-to-U RNA Editase
著者: Dance, G.S. / Beemiller, P. / Yang, Y. / Mater, D.V. / Mian, I.S. / Smith, H.C.
#4: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000
タイトル: APOBEC-1 Dependent Cytidine to Uridine Editing of Apolipoprotein B RNA in Yeast
著者: Dance, G.S. / Sowden, M.P. / Yang, Y. / Smith, H.C.
履歴
登録2003年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
C: Cytidine deaminase
D: Cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4708
ポリマ－62,2084
非ポリマー2624
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10490 Å2
ΔGint-234 kcal/mol
Surface area20610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.520, 86.370, 156.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-195-

HOH

21C-180-

HOH

詳細CDD1 is a tetramer of identical subunits related by 222 symmetry. The asymmetric unit comprises 1 tetramer of chains A,B,C and D and includes four Zinc atoms.

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要素

#1: タンパク質
Cytidine deaminase / Cytidine aminohydrolase / CDA


分子量: 15552.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: Cdd1p / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus(TM) / 参照: UniProt: Q06549, cytidine deaminase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 5000 MME, ammonium chloride, sodium succinate, DTT, sodium azide, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.2574, 1.2831, 1.2828
検出器タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月17日 / 詳細: Vertical Focusing Mirrors
放射モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.25741
21.28311
31.28281
反射解像度: 2→29 Å / Num. all: 65372 / Num. obs: 63560 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 5597 / Rsym value: 0.313 / % possible all: 74.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
SHELX位相決定
直接法位相決定
Oモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→29.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 410906.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 5026 7.9 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all0.191 65372 --
obs0.188 63560 91.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.9708 Å2 / ksol: 0.319008 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.21 Å20 Å20 Å2
2--2.82 Å20 Å2
3----5.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4195 0 4 318 4517
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.752.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.282.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.993.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 512 7.9 %
Rwork0.237 5991 -
obs-5991 74.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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