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万見
- PDB-1r5i: Crystal structure of the MAM-MHC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r5i
タイトルCrystal structure of the MAM-MHC complex
要素
  • (HLA class II histocompatibility antigen, ...) x 2
  • Hemagglutinin peptide
  • superantigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / superantigen / MHC / MAM / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation ...regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of monocyte differentiation / CD4 receptor binding / inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of kinase activity / intermediate filament / transport vesicle membrane / polysaccharide binding / T-helper 1 type immune response / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / humoral immune response / macrophage differentiation / negative regulation of type II interferon production / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / PD-1 signaling / epidermis development / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / detection of bacterium / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / structural constituent of cytoskeleton / cognition / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / endocytic vesicle membrane / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / early endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / adaptive immune response / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of viral entry into host cell / lysosome / host cell surface receptor binding / immune response / positive regulation of protein phosphorylation / external side of plasma membrane / Golgi membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / virion membrane / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
mam-mhc complex, Chain D, Domain 2 / Hla class ii histocompatibility antigen, dr alpha chain. Chain D, domain 1 / Mycoplasma arthritidis-derived mitogen / Superantigen MAM / Mycoplasma arthritidis-derived mitogen, C-terminal / Mycoplasma arthritidis-derived mitogen / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain ...mam-mhc complex, Chain D, Domain 2 / Hla class ii histocompatibility antigen, dr alpha chain. Chain D, domain 1 / Mycoplasma arthritidis-derived mitogen / Superantigen MAM / Mycoplasma arthritidis-derived mitogen, C-terminal / Mycoplasma arthritidis-derived mitogen / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / Hemagglutinin / Superantigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mycoplasma arthritidis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhao, Y. / Li, Z. / Drozd, S.J. / Guo, Y. / Mourad, W. / Li, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of Mycoplasma arthritidis mitogen complexed with HLA-DR1 reveals a novel superantigen fold and a dimerized superantigen-MHC complex.
著者: Zhao, Y. / Li, Z. / Drozd, S.J. / Guo, Y. / Mourad, W. / Li, H.
履歴
登録2003年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
C: Hemagglutinin peptide
D: superantigen
E: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
F: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
G: Hemagglutinin peptide
H: superantigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,18512
ポリマ－140,8058
非ポリマー3804
水1,910106
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
C: Hemagglutinin peptide
D: superantigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5936
ポリマ－70,4034
非ポリマー1902
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
F: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
G: Hemagglutinin peptide
H: superantigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5936
ポリマ－70,4034
非ポリマー1902
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.286, 178.814, 179.554
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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HLA class II histocompatibility antigen, ... , 2種, 4分子 AEBF

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 21225.512 Da / 分子数: 2 / 断片: alpha chain of class II MHC (residues 26-206) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain / MHC class I antigen DRB1*1 / DR-1 / DR1


分子量: 22080.664 Da / 分子数: 2 / 断片: beta chain of class II MHC (residues 30-219) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P04229, UniProt: P01911*PLUS

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タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 4分子 CGDH

#3: タンパク質・ペプチド Hemagglutinin peptide


分子量: 1506.807 Da / 分子数: 2 / 断片: haemagglutinin peptide (residues 306-318) / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. This sequence occurs naturally in influenza virus.
参照: UniProt: P11133
#4: タンパク質 superantigen / Mycoplasma arthritidis-derived mitogen


分子量: 25589.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma arthritidis (バクテリア)
プラスミド: pGEX-6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q48898

-
非ポリマー , 2種, 110分子

#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: potassium sodium hosphate, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15.4 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1droppH7.5
3100 mM1dropNaCl
41 mMdithiothreitol1drop
51 mM1dropZn(OAc)2
61.7 Mpotassium sodium phosphate1reservoir
70.1 MHEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月8日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→43 Å / Num. all: 65311 / Num. obs: 65311 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 39.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.489 / % possible all: 80.4
反射
*PLUS
% possible obs: 95.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.4 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
AMoRE位相決定
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換
開始モデル: PDB entry 1DLH

1dlh


解像度: 2.6→42.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3119994.31 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 4640 7.1 %RANDOM
Rwork0.238 ---
all0.238 65311 --
obs0.238 65311 95.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.9383 Å2 / ksol: 0.345188 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.35 Å20 Å20 Å2
2--20.35 Å20 Å2
3----10 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.59 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→42.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9888 0 20 106 10014
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 651 7.1 %
Rwork0.394 8490 -
obs-9222 80.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 100 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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