[日本語] English
万見
- PDB-1r50: Bacillus subtilis lipase A with covalently bound Sc-IPG-phosphona... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r50
タイトルBacillus subtilis lipase A with covalently bound Sc-IPG-phosphonate-inhibitor
要素Lipase
キーワードHYDROLASE / lipase / alpha/beta hydrolase / phosphonate inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


lipase activity / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lipase EstA/Esterase EstB / Lipase (class 2) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SIL / Lipase EstA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Droege, M.J. / Van Pouderoyen, G. / Vrenken, T.E. / Rueggeberg, C.J. / Reetz, M.T. / Dijkstra, B.W. / Quax, W.J.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2005
タイトル: Directed Evolution of Bacillus subtilis Lipase A by Use of Enantiomeric Phosphonate Inhibitors: Crystal Structures and Phage Display Selection
著者: Droege, M.J. / Boersma, Y.L. / van Pouderoyen, G. / Vrenken, T.E. / Rueggeberg, C.J. / Reetz, M.T. / Dijkstra, B.W. / Quax, W.J.
履歴
登録2003年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lipase
B: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3224
ポリマ－38,7662
非ポリマー5572
水4,414245
1
A: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6612
ポリマ－19,3831
非ポリマー2781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6612
ポリマ－19,3831
非ポリマー2781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.594, 83.591, 95.082
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Lipase / lipase A


分子量: 19382.836 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: lipA / プラスミド: PMA5LIP / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株 (発現宿主): BCL1051 / 参照: UniProt: P37957, triacylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-SIL / [(4S)-2,2-DIMETHYL-1,3-DIOXOLAN-4-YL]METHYL HYDROGEN HEX-5-ENYLPHOSPHONATE / O-[(S)-1,2-O-ISOPROPYLIDENE-SN-GLYCEROL]6-HEXENYL PHOSPHONATE / O-[(S)-IPG] 6-HEXENYL PHOSPHONATE


分子量: 278.282 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H23O5P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10
詳細: PEG 4000, ETHANOL AMINE, SODIUM SULPHATE, CADMIUM CHLORIDE, pH 10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 OR SI311 CRYSTALS, LN2 COOLED
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→100 Å / Num. all: 56823 / Num. obs: 48857 / % possible obs: 85.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1001 / Rsym value: 0.305 / % possible all: 35.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
TRUNCATEデータ削減
CNS精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Bacillus subtilis lipase A

解像度: 1.45→100 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 2467 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
all-56823 --
obs-48747 85.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.722 Å20 Å20 Å2
2---0.857 Å20 Å2
3---0.135 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0 Å0 Å
Luzzati d res low-0 Å
Luzzati sigma a0 Å0 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2702 0 34 245 2981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004685
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.22808

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る