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万見
- PDB-1r4w: Crystal structure of Mitochondrial class kappa glutathione transferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r4w
タイトルCrystal structure of Mitochondrial class kappa glutathione transferase
要素Glutathione S-transferase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / glutathione-S-transferase / glutathione transferase / kappa GST / rGSTK1-1
機能・相同性
機能・相同性情報


Peroxisomal protein import / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / glutathione transferase / glutathione transferase activity / epithelial cell differentiation / glutathione metabolic process / peroxisome / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase kappa / HCCA isomerase/glutathione S-transferase kappa / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Glutathione S-transferase kappa 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / SIR with anomalous Hg / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ladner, J.E. / Parsons, J.F. / Rife, C.L. / Gilliland, G.L. / Armstrong, R.N.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Parallel Evolutionary Pathways for Glutathione Transferases: Structure and Mechanism of the Mitochondrial Class Kappa Enzyme rGSTK1-1
著者: Ladner, J.E. / Parsons, J.F. / Rife, C.L. / Gilliland, G.L. / Armstrong, R.N.
履歴
登録2003年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase, mitochondrial
B: Glutathione S-transferase, mitochondrial
C: Glutathione S-transferase, mitochondrial
D: Glutathione S-transferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3298
ポリマ－102,1004
非ポリマー1,2294
水4,792266
1
A: Glutathione S-transferase, mitochondrial
B: Glutathione S-transferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6654
ポリマ－51,0502
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18420 Å2
手法PISA
2
C: Glutathione S-transferase, mitochondrial
D: Glutathione S-transferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6654
ポリマ－51,0502
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.900, 110.790, 74.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glutathione S-transferase, mitochondrial / GST 13-13 / Glutathione S-transferase subunit 13 / GST class-kappa


分子量: 25524.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: GSGSTK1-1 / プラスミド: pET-20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P24473, glutathione transferase
#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細HOH 723 MAY BE A PARTIALLY OCCUPIED SULFATE ION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: well: 13-17% (w/v) PEG 2K, 40-80 mM lithium sulfate, 100 mM sodium citrate; drop: 1:1 protein:well, 0.05% beta-octyl-glucopyranoside, 1.5 mM glutathione, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 4.4 / PH range high: 4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlprotein1drop
20.2 %beta-n-octylglucopyranoside1drop
33-5 mMligands1drop
40.1 M1dropLiSO4
57 %PEG30001dropor PEG6000, pH4.0-4.4
650 mMsodium citrate1reservoirpH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 35795 / Num. obs: 35795 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 33.9 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 88.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. measured all: 115187 / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS1精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: SIR with anomalous Hg / 解像度: 2.5→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Freidel pairs were used in the refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 --random
Rwork0.204 ---
all-66183 --
obs-62942 92.5 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6996 0 80 266 7342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.82
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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