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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r4v | ||||||
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タイトル | 1.9A crystal structure of protein AQ328 from Aquifex aeolicus | ||||||
要素 | Hypothetical protein AQ_328 | ||||||
キーワード | Structural genomics / unknown function / all-alpha / histon fold / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Qiu, Y. / Tereshko, V. / Kim, Y. / Zhang, R. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Kossiakoff, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2006 タイトル: The crystal structure of Aq_328 from the hyperthermophilic bacteria Aquifex aeolicus shows an ancestral histone fold. 著者: Qiu, Y. / Tereshko, V. / Kim, Y. / Zhang, R. / Collart, F. / Yousef, M. / Kossiakoff, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1r4v.cif.gz | 48 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1r4v.ent.gz | 37.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1r4v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1r4v_validation.pdf.gz | 433.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1r4v_full_validation.pdf.gz | 434.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1r4v_validation.xml.gz | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1r4v_validation.cif.gz | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/1r4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/1r4v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20151.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: AQ_328 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O66665 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CAC / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.31 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 3350, sodium chloride, Zinc Acetate, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.95372, 0.97932, 0.97952 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月23日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 17815 / Num. obs: 17815 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.098 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.57 / Num. unique all: 948 / % possible all: 50.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 6.808 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.191 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.953 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -0.8444 Å / Origin y: 16.3246 Å / Origin z: 12.8464 Å
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