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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r4n | ||||||
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タイトル | APPBP1-UBA3-NEDD8, an E1-ubiquitin-like protein complex with ATP | ||||||
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![]() | CELL CYCLE | ||||||
機能・相同性 | ![]() E1 NEDD8-activating enzyme / NEDD8 activating enzyme activity / endomitotic cell cycle / ubiquitin activating enzyme activity / NEDD8 transferase activity / regulation of proteolysis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / anatomical structure morphogenesis ...E1 NEDD8-activating enzyme / NEDD8 activating enzyme activity / endomitotic cell cycle / ubiquitin activating enzyme activity / NEDD8 transferase activity / regulation of proteolysis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / anatomical structure morphogenesis / regulation of neuron apoptotic process / post-translational protein modification / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Iron uptake and transport / protein modification process / protein localization / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / UCH proteinases / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of apoptotic process / neuron apoptotic process / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / protein heterodimerization activity / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein-containing complex / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Walden, H. / Podgorski, M.S. / Holton, J.M. / Schulman, B.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of the APPBP1-UBA3-NEDD8-ATP complex reveals the basis for selective ubiquitin-like protein activation by an E1. 著者: Walden, H. / Podgorski, M.S. / Huang, D.T. / Miller, D.W. / Howard, R.J. / Minor, D.L. / Holton, J.M. / Schulman, B.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE The residues 600-608, 700-706, 800-802 and 900-917 of the chains B,D,F,H were modelled ...SEQUENCE The residues 600-608, 700-706, 800-802 and 900-917 of the chains B,D,F,H were modelled originally as alanines due to poor electron density. The residue names were assigned arbitrarily and the connectivity is unclear. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 726.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 594.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 734.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 957.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 109.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 156.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59829.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 48394.219 Da / 分子数: 4 / Mutation: C216A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 8573.978 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #4: 化合物 | ChemComp-ATP / #5: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.21 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: peg10k, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 64720 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 41 % / Biso Wilson estimate: 69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.6→3.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 94.4 |
反射 | *PLUS Num. obs: 66111 / Num. measured all: 2710454 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1R4M 解像度: 3.6→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.6→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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