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- PDB-1r4g: Solution structure of the Sendai virus protein X C-subdomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r4g
タイトルSolution structure of the Sendai virus protein X C-subdomain
要素RNA polymerase alpha subunit
キーワードViral protein / transferase / three helix-bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


negative stranded viral RNA replication / disordered domain specific binding / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / protein-containing complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoprotein P, oligomerisation domain 1 / Paramyxovirinae P phosphoprotein C-terminal domain / Paramyxovirinae P phosphoprotein C-terminal region / RNA polymerase, phosphoprotein P, C-terminal XD, paramyxovirinae / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sendai virus (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Blanchard, L. / Tarbouriech, N. / Blackledge, M. / Timmins, P. / Burmeister, W.P. / Ruigrok, R.W. / Marion, D.
引用
ジャーナル: Virology / 年: 2004
タイトル: Structure and dynamics of the nucleocapsid-binding domain of the Sendai virus phosphoprotein in solution
著者: Blanchard, L. / Tarbouriech, N. / Blackledge, M. / Timmins, P. / Burmeister, W.P. / Ruigrok, R.W. / Marion, D.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2001
タイトル: Assignment of the 1H, 15N and 13C resonances of the nucleocapsid-binding domain of the Sendai virus Phosphoprotein
著者: Marion, D. / Tarbouriech, N. / Ruigrok, R.W. / Burmeister, W.P. / Blanchard, L.
履歴
登録2003年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase alpha subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9431
ポリマ－5,9431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase alpha subunit / Nucleocapsid phosphoprotein / Protein X


分子量: 5942.853 Da / 分子数: 1 / 断片: C-subdomain (residues 516-568) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sendai virus (strain Harris) (ウイルス)
属: Respirovirus / 生物種: Sendai virus / 株: Harris / 遺伝子: P / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P04859, RNA-directed RNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
2323D HNCO type experiments
NMR実験の詳細Text: Sample 2 was used to measure the three different types of residual dipolar couplings used for structure refinement.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2-1.5mM 15N/13C Protein X, 50mM potassium phosphate buffer, 0.5M NaCl, 10mM DTT, antiprotease cocktail90% H2O/10% D2O
21mM 15N/13C Protein X, 5% C12/E6/hexanol, 50mM potassium phosphate buffer, 0.5M NaCl, 10mM DTT90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 0.5M NaCl / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Discover2.98Accelrys, Inc.構造決定
SCULPTORhus & blackledge精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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