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- PDB-1r45: ADP-ribosyltransferase C3bot2 from Clostridium botulinum, triclin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r45
タイトルADP-ribosyltransferase C3bot2 from Clostridium botulinum, triclinic form
要素Mono-ADP-ribosyltransferase C3
キーワードTRANSFERASE / ADP-RIBOSYLTRANSFERASE / BINARY TOXIN / C3 EXOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mono-ADP-ribosyltransferase C3/Edin / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mono-ADP-ribosyltransferase C3
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium phage c-st (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Gilliland, G.L. / Narumiya, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of ADP-ribosyltransferase C3bot2 from Clostridium botulinum
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Gilliland, G.L. / Narumiya, S.
履歴
登録2003年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年10月3日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mono-ADP-ribosyltransferase C3
B: Mono-ADP-ribosyltransferase C3
C: Mono-ADP-ribosyltransferase C3
D: Mono-ADP-ribosyltransferase C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,85514
ポリマ－92,9024
非ポリマー95310
水16,340907
1
A: Mono-ADP-ribosyltransferase C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6065
ポリマ－23,2261
非ポリマー3804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mono-ADP-ribosyltransferase C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6065
ポリマ－23,2261
非ポリマー3804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Mono-ADP-ribosyltransferase C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3222
ポリマ－23,2261
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Mono-ADP-ribosyltransferase C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3222
ポリマ－23,2261
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
B: Mono-ADP-ribosyltransferase C3
ヘテロ分子

A: Mono-ADP-ribosyltransferase C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,21210
ポリマ－46,4512
非ポリマー7618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area3110 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area18810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.000, 47.000, 108.700
Angle α, β, γ (deg.)98.50, 97.30, 96.50
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Mono-ADP-ribosyltransferase C3 / Exoenzyme C3


分子量: 23225.521 Da / 分子数: 4 / 断片: mature protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium phage c-st (ファージ)
株: c003-9 / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q00901, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 907 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Lithium Sulfate, 7% PEG 4000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月9日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Germanium / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→20 Å / Num. all: 118341 / Num. obs: 118341 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 1.57→1.6 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Mean I/σ(I) obs: 12.4 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G24-A

1g24


解像度: 1.57→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 1.208 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.083
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 3554 3 %RANDOM
Rwork0.171 ---
all0.172 114713 --
obs0.172 114713 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20.07 Å20.16 Å2
2--0.04 Å20.05 Å2
3----0.15 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6436 0 52 907 7395
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0226620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4161.9718905
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3115798
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2937
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024964
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.23403
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2659
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1210.249
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.24933994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.74466466
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0182626
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.55882439
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.608 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.219 230
Rwork0.162 7890

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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