[日本語] English
万見
- PDB-1r2b: Crystal structure of the BCL6 BTB domain complexed with a SMRT co... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r2b
タイトルCrystal structure of the BCL6 BTB domain complexed with a SMRT co-repressor peptide
要素
  • B-cell lymphoma 6 protein
  • Nuclear receptor co-repressor 2
キーワードTRANSCRIPTION / BTB domain / HDAC complex / B-cell lymphoma / transcriptional repression
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of ketone metabolic process ...Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of ketone metabolic process / negative regulation of mast cell cytokine production / nuclear glucocorticoid receptor binding / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / plasma cell differentiation / paraspeckles / germinal center formation / regulation of immune system process / pyramidal neuron differentiation / type 2 immune response / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cell motility / Notch binding / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of Rho protein signal transduction / : / negative regulation of cell-matrix adhesion / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / regulation of T cell proliferation / regulation of cell differentiation / negative regulation of Notch signaling pathway / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / Notch-HLH transcription pathway / B cell proliferation / negative regulation of cellular senescence / Rho protein signal transduction / Regulation of MECP2 expression and activity / regulation of immune response / estrous cycle / erythrocyte development / nuclear retinoid X receptor binding / positive regulation of B cell proliferation / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / regulation of cytokine production / lactation / transcription repressor complex / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / cell-matrix adhesion / cerebellum development / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / cell motility / HDACs deacetylate histones / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / cell morphogenesis / negative regulation of cell growth / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / chromatin DNA binding / heterochromatin formation / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear matrix / HCMV Early Events / transcription corepressor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein localization / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nuclear body / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / nucleolus / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / BTB/POZ domain ...N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Homeobox-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell lymphoma 6 protein / Nuclear receptor corepressor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ahmad, K.F. / Melnick, A. / Lax, S.A. / Bouchard, D. / Liu, J. / Kiang, C.L. / Mayer, S. / Licht, J.D. / Prive, G.G.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Mechanism of SMRT corepressor recruitment by the BCL6 BTB domain.
著者: Ahmad, K.F. / Melnick, A. / Lax, S. / Bouchard, D. / Liu, J. / Kiang, C.L. / Mayer, S. / Takahashi, S. / Licht, J.D. / Prive, G.G.
履歴
登録2003年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma 6 protein
B: B-cell lymphoma 6 protein
C: Nuclear receptor co-repressor 2
D: Nuclear receptor co-repressor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1684
ポリマ－33,1684
非ポリマー00
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8310 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area13920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.228, 38.543, 76.659
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 B-cell lymphoma 6 protein / BCL-6 / Zinc finger protein 51 / LAZ-3 protein / POZ domain / BTB/POZ domain


分子量: 14559.823 Da / 分子数: 2 / 断片: BCL6 (residues 5-129) / 変異: C8Q, C67R, C84N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL6 / プラスミド: pET-32(a) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41182
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor co-repressor 2 / N-CoR2 / Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone receptor / SMRT / SMRTe / Thyroid- ...N-CoR2 / Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone receptor / SMRT / SMRTe / Thyroid- / retinoic-acid-receptor-associated co-repressor / T3 receptor- associating factor / TRAC / CTG repeat protein 26


分子量: 2024.325 Da / 分子数: 2 / 断片: SMRT - BBD (residues 1414-1430) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCOR2 OR CTG26 / プラスミド: pET-32(a) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y618
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 3350, sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
225 %PEG33501reservoir
30.2 Mammonium acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年11月20日 / 詳細: Osmic confocal
放射モノクロメーター: Osmic confocal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 16537 / Num. obs: 16405 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.256 / % possible all: 92.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.1 % / Rmerge(I) obs: 0.256

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→27.08 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 768 -random
Rwork0.227 ---
all0.239 16418 --
obs0.227 15876 96.7 %-
溶媒の処理Bsol: 37.3735 Å2 / ksol: 0.309108 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.697 Å20 Å2-0.445 Å2
2---5.141 Å20 Å2
3---4.444 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→27.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2275 0 0 130 2405
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4831.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4242
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1332
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.0872.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.039
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 104 -
Rwork0.298 --
obs-2378 89.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.2677 / Rfactor Rwork: 0.2266
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0097
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.28 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る