PDB-1r26: Crystal structure of thioredoxin from Trypanosoma brucei brucei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r26

タイトル

Crystal structure of thioredoxin from Trypanosoma brucei brucei

要素

Thioredoxin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / redox-active disulfide / thioredoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

disulfide oxidoreductase activity / protein disulfide isomerase activity / cell redox homeostasis / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Friemann, R. / Schmidt, H. / Ramaswamy, S. / Forstner, M. / Krauth-Siegel, R.L. / Eklund, H.

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2003
タイトル: Structure of thioredoxin from Trypanosoma brucei brucei
著者: Friemann, R. / Schmidt, H. / Ramaswamy, S. / Forstner, M. / Krauth-Siegel, R.L. / Eklund, H.

履歴

登録	2003年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r26.cif.gz	38.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r26.ent.gz	25.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r26.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1r26_validation.pdf.gz	412 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1r26_full_validation.pdf.gz	412 KB	表示
XML形式データ	1r26_validation.xml.gz	7.7 KB	表示
CIF形式データ	1r26_validation.cif.gz	10.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/1r26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/1r26	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ertS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2nbn-d 6wis-1 5wq0-5 6wje-6 1lms-d 7l61-d 7cfw-d 4hnr-d 4kzv-2 4dx9-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (3) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Thioredoxin

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.878, 51.725, 57.389
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Cell setting	orthorhombic
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Thioredoxin 分子量: 14483.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: reduced form / 由来: (組換発現) Trypanosoma (真核生物) / 生物種: Trypanosoma brucei / 株: brucei / 遺伝子: trx / プラスミド: pQE-60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: Q9NG23
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.4 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2M sodium formate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 293 K / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	6.8 mg/ml	protein	1	drop
2	250 mM	imidazole	1	drop
3	300 mM		1	drop	NaCl
4	50 mM	sodium phosphate	1	drop		pH7.2
5	2 M	sodium formate	1	reservoir
6	0.1 M	sodium acetate	1	reservoir		pH4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月31日
放射	モノクロメーター: cryogenically cooled high resolution Si (311) and lower resolution Si (111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→30 Å / Num. all: 22807 / Num. obs: 22807 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.078 / R_sym value: 0.078 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 23274 / R_sym value: 0.01 / % possible all: 100
反射	PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 冗長度: 10 % / Num. measured all*: 232960
反射シェル	PLUS 最高解像度: 1.4 Å / % possible obs*: 99.6 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK		データスケーリング
d*TREK		データ削減
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Pdb entry 1ert polyala

1ert

解像度: 1.4→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 0.982 / SU ML: 0.039 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19841	1165	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16762	-	-	-
all	0.16827	21601	-	-
obs	0.1691	21601	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.589 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.57 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	904	0	0	126	1030

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	920
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	879
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.327	1.951	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.763	3	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.511	5	111
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	989
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	190
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.283	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	936
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	527
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.168	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.26	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.137	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.88	1.5	564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.67	2	920
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.478	3	356
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.229	4.5	320

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.265	95
R_work	0.23	1555

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 30 Å / R_factor R_free: 0.198 / R_factor R_work: 0.168

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.3

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関連情報:EMDBヘッダ

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