PDB-1r0j: nickel-substituted rubredoxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r0j

タイトル

nickel-substituted rubredoxin

要素

Rubredoxin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / rubredoxin / iron-sulfur / Clostridium pasteurianum

機能・相同性

機能・相同性情報

alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium pasteurianum (バクテリア)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Maher, M. / Cross, M. / Wilce, M.C.J. / Guss, J.M. / Wedd, A.G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Metal-substituted derivatives of the rubredoxin from Clostridium pasteurianum.
著者: Maher, M. / Cross, M. / Wilce, M.C. / Guss, J.M. / Wedd, A.G.

履歴

登録	2003年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r0j.cif.gz	22.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r0j.ent.gz	14.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r0j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1r0j_validation.pdf.gz	424.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1r0j_full_validation.pdf.gz	424.7 KB	表示
XML形式データ	1r0j_validation.xml.gz	4.4 KB	表示
CIF形式データ	1r0j_validation.cif.gz	5.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/1r0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/1r0j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1r0fC 1r0gC 1r0hC 1r0iC 1iroS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1iro-d 1r0i-d 1r0f-d 1r0g-d 1t9p-2 1t9p-3 1t9o-2 1r0h-d 3kyy-d 1fhh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Rubredoxin

ヘテロ分子

6.11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.331, 64.331, 32.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Rubredoxin / Rd 分子量: 6051.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア) プラスミド: pkk223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00268
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.08 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: sodium acetate, ammonium sulfate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 4.6 / PH range high: 4

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	7-20 mg/ml	protein	1	drop
2	50-67 %sat	ammonium sulfate	1	reservoir
3	0.05 M	sodium acetate	1	reservoir	pH4.0-4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→100 Å / Num. all: 3599 / Num. obs: 3599 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 299 / % possible all: 77.3
反射	PLUS Num. measured all*: 8168
反射シェル	PLUS % possible obs*: 77.3 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 1iro

1iro

解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 4.028 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24199	132	4.2 %	RANDOM
R_work	0.21888	-	-	-
obs	0.21995	2996	100 %	-
all	-	3128	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.528 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.04 Å²	-1.02 Å²	0 Å²
2-	-	-2.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	425	0	1	23	449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	441
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	373
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.361	1.979	599
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.863	3	928
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.214	5	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	489
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	74
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.225	0.2	402
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.239	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.25	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.048	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.573	1.5	266
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.93	2	437
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.131	3	175
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.691	4.5	160
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.314	11
R_work	0.15	218
obs	-	218

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 18.9025 Å / Origin y: 25.2948 Å / Origin z: 18.9636 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1074 Å²	0.0222 Å²	-0.0008 Å²	-	0.0911 Å²	-0.0125 Å²	-	-	0.0018 Å²
L	3.3533 °²	0.1218 °²	-0.5721 °²	-	1.9763 °²	-0.217 °²	-	-	0.9869 °²
S	-0.0175 Å °	-0.0075 Å °	0.0857 Å °	-0.0199 Å °	-0.0058 Å °	0.0978 Å °	-0.0673 Å °	-0.0741 Å °	0.0234 Å °

精密化

*PLUS

最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 3128 / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.242 / R_factor R_work: 0.219

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.4

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関連情報:EMDBヘッダ

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