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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1r0h | ||||||
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Title | cobalt-substituted rubredoxin | ||||||
![]() | Rubredoxin | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / rubredoxin / iron-sulfur / Clostridium pasteurianum | ||||||
Function / homology | ![]() alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Maher, M. / Cross, M. / Wilce, M.C.J. / Guss, J.M. / Wedd, A.G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Metal-substituted derivatives of the rubredoxin from Clostridium pasteurianum. Authors: Maher, M. / Cross, M. / Wilce, M.C. / Guss, J.M. / Wedd, A.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 23.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 14.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 415 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 415 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 4.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 5.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1r0fC ![]() 1r0gC ![]() 1r0iC ![]() 1r0jC ![]() 1iroS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 6051.611 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-CO / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.99 Å3/Da / Density % sol: 37.76 % | ||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4 Details: ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / PH range low: 4.6 / PH range high: 4 | ||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IIC / Detector: IMAGE PLATE / Details: mirror |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. all: 5552 / Num. obs: 5552 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.76 Å / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 565 / % possible all: 99.8 |
Reflection | *PLUS Num. measured all: 16277 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 99.8 % |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1iro Resolution: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.485 / SU ML: 0.076 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.101 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.57 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 18.9308 Å / Origin y: 25.0439 Å / Origin z: 18.082 Å
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 1.7 Å / Lowest resolution: 20 Å / Num. reflection obs: 5524 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.197 / Rfactor Rwork: 0.145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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